您好，关于您提出的“拆迁合同能否抵契税”的问题，我为您详细解答如下：
首先，我们需要明确的是，拆迁补偿是国家因公共利益的需要，依法对集体建设土地或棚户区实行征收或征用，并按照被征地的原用途给予的补偿价款。这一过程中，仅发生使用权的转移，而不改变其所有权。根据《契税法》的相关规定，某些特定情形下的土地、房屋权属转移是免征契税的。然而，直接提及拆迁合同抵契税的情况并不在《契税法》第六条明确列出的免征情形中。
不过，在实际操作中，存在一种特殊情况：当被拆迁人选择货币补偿方式，并在之后再次购买房产时，可以凭借拆迁合同根据补偿金额相应抵扣契税。这一政策在部分地区，如九江市，是得到实施的。但需要注意的是，这种抵扣通常要求拆迁协议和新购买房产的所有人名字一致，且可能受到一些具体条件的限制，如购买房产的类型（住房或商铺）以及拆迁和购买房产的地理位置等。
针对您提到的在九江市武宁县购买商铺要求抵扣契税时遇到的问题，即拆迁的房租协议是市区的不是县城的，且拆迁的是住房购买的是商铺所以不能抵扣契税，这可能是由于当地的具体执行政策或解释与市级政策存在差异。在这种情况下，建议您：
详细了解当地政策：联系武宁县当地的税务机关或相关部门，了解具体的契税抵扣政策和执行细则。
提供完整资料：确保您提供的拆迁合同、购买房产的合同以及相关身份证明等资料齐全且符合当地要求。
咨询专业人士：如果可能的话，咨询一位专业的税务律师或会计师，他们可以提供更具体的法律建议和税务筹划方案。
保持沟通：与税务机关保持积极沟通，了解您的申请进展和可能存在的问题，以便及时调整和解决。
总的来说，拆迁合同能否抵契税取决于当地的具体政策和执行细则。因此，建议您在办理相关手续前，先详细了解并遵循当地的政策要求。希望这些解答能对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时告诉我。