当机动车与非机动车发生交通事故，且被认定为机动车主责、非机动车次责时，保险的赔偿方式主要遵循以下原则：

一、交强险赔偿

在交强险的限额范围内，机动车一方需要承担赔偿责任，无论其是否有责任。具体来说：

• 有责任时：机动车需赔偿非机动车方12.1万元，这其中包括1.1万元的死亡伤残赔偿、1万元的医疗费用赔偿以及2000元的财产损失赔偿。
• 无责任时（但此情况在本题中不适用，因为已确定机动车主责）：机动车需赔偿非机动车方1.21万元。

二、商业险赔偿

超出交强险限额的部分，将按照主次责任的比例进行分担。通常，机动车主责方承担70%至80%的赔偿责任，非机动车次责方承担20%至30%的赔偿责任。具体比例可能因地区和保险公司而异，但一般实践中主责承担70%、次责承担30%是较为常见的划分方式。

举例说明： 假设总损失为10万元，交强险赔付了12.1万元中的相应部分（如医疗费用1万、财产损失2000元等，具体根据实际损失情况），剩余部分按责任比例分担。若交强险已赔付1.2万（仅为示例，实际需根据损失情况计算），剩余8.8万中，机动车主需承担70%，即6.16万；非机动车次需承担30%，即2.64万。

三、理赔流程与注意事项

1. 保存证据：双方应保存好事故证明、医疗费用票据、财产损失证明等相关证据，以便顺利理赔。
2. 及时报案：发生事故后，应及时向保险公司报案，并按照保险公司的要求提供相关资料。
3. 协商与调解：在理赔过程中，双方可以协商解决赔偿问题，也可以请求交警部门或保险调解机构进行调解。
4. 法律途径：若协商或调解无果，双方可以通过法律途径解决争议。

四、法律依据

机动车与非机动车主次责任赔偿的法律依据主要是《道路交通安全法》及相关司法解释。该法规定，机动车与非机动车驾驶人、行人之间发生交通事故，非机动车驾驶人、行人没有过错的，由机动车一方承担赔偿责任；有证据证明非机动车驾驶人、行人有过错的，根据过错程度适当减轻机动车一方的赔偿责任。

综上所述，当机动车与非机动车发生交通事故且被认定为机动车主责、非机动车次责时，保险赔偿将遵循交强险限额赔偿和商业险按责任比例赔偿的原则。双方应保存好相关证据，及时报案并按照保险公司的要求进行理赔。