独立公司间租赁房屋不收取房租，这一行为是否合法，需结合具体情况与法律规定进行综合分析。以下是从不同角度的详细解答：

1. 合同自由原则与合法性基础

• 合同自由：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同双方有权在平等、自愿的基础上，就合同内容（包括租金）进行协商。若双方明确约定不收取租金，且该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，则该约定原则上具有法律效力。
• 合法性前提：不收取租金的行为必须基于双方的真实意思表示，且不得存在欺诈、胁迫、恶意串通等损害国家、集体或第三人利益的情形。

2. 税务合规性考量

• 税务义务：即使双方约定不收取租金，从税务角度来看，该行为可能仍被视为应税行为。根据《中华人民共和国税收征收管理法》及相关税法规定，房屋租赁属于应税行为，无论是否实际收取租金，出租方均可能负有纳税义务。
• 税务风险：若未依法申报并缴纳相关税费，可能面临税务机关的处罚，包括但不限于补缴税款、滞纳金及罚款等。

3. 潜在法律风险

• 合同效力风险：若不收取租金的约定被认定为显失公平或存在其他违法情形，可能影响合同的整体效力，导致合同被撤销或部分无效。
• 第三方权益影响：若该租赁行为涉及第三方权益（如抵押权人、优先购买权人等），不收取租金的行为可能损害第三方利益，从而引发法律纠纷。

4. 实际操作建议

• 明确约定：在租赁合同中明确约定不收取租金的原因、期限及双方的权利义务，确保约定合法、有效。
• 税务合规：咨询专业税务机构，了解并履行相关税务义务，避免税务风险。
• 风险防范：考虑设置合理的违约责任条款，以应对可能出现的法律纠纷。

5. 特殊情况分析

• 关联交易：若租赁双方为关联公司，不收取租金的行为可能受到更严格的监管。需确保该行为符合商业实质，不存在通过不收取租金进行利益输送或逃避税收等违法情形。
• 政策扶持：在某些特定情况下（如政府扶持项目、公益用途等），不收取租金的行为可能得到政策支持或豁免。但需确保符合相关政策规定，并履行必要的审批或备案手续。

总结与建议：独立公司间租赁房屋不收取房租的行为，在合同自由原则下具有一定的合法性基础。但需注意税务合规性、潜在法律风险及特殊情况下的政策要求。建议双方在签订租赁合同时，充分咨询法律及税务专业人士，确保行为合法、有效，并防范潜在风险。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。