不动产登记证书上确立的20年内不得转让的条款，并不妨碍该不动产通过司法拍卖进行转让。以下是对此问题的详细分析：

一、不动产转让的限制与司法拍卖的性质

1. 不动产转让的限制：不动产登记证书上确立的20年内不得转让的条款，属于对不动产转让的一种限制性约定。这种约定通常出现在合同或相关法律文件中，旨在保护特定方的利益或实现特定的政策目标。然而，这种限制并不等同于法律上的绝对禁止转让。

2. 司法拍卖的性质：司法拍卖是法院根据生效法律文书，如判决书、裁定书等，对被执行人的财产进行强制处置的一种方式。其目的在于通过公开拍卖，实现财产的价值最大化，从而满足债权人的债权需求。司法拍卖具有强制性和公开性，不受当事人之间私下约定的限制。

二、司法拍卖对不动产转让限制的影响

1. 法律效力的优先性：在法律上，司法拍卖的效力通常优先于当事人之间的私下约定。这是因为司法拍卖是基于法院的强制执行权进行的，具有更高的法律效力。因此，即使不动产登记证书上确立了20年内不得转让的条款，该不动产仍然可以通过司法拍卖进行转让。

2. 拍卖成交的效力：一旦不动产在司法拍卖中成交，买受人将取得该不动产的所有权。这种所有权的取得是基于法院的拍卖裁定和买受人的支付行为，不受原不动产登记证书上转让限制条款的影响。买受人可以依法办理不动产过户手续，取得新的不动产登记证书。

三、实际操作中的注意事项

1. 审查拍卖公告：在参与司法拍卖前，买受人应仔细审查拍卖公告，了解拍卖标的的具体情况，包括是否存在转让限制等。如果拍卖公告中明确提及了不动产登记证书上的转让限制条款，买受人应充分评估风险后再决定是否参与拍卖。

2. 咨询专业律师：由于司法拍卖涉及复杂的法律问题和程序，买受人在参与拍卖前最好咨询专业律师的意见。律师可以对拍卖标的的法律状况进行全面审查，并提供法律建议和风险评估，帮助买受人做出明智的决策。

3. 办理过户手续：拍卖成交后，买受人应及时与法院和不动产登记机构联系，办理不动产过户手续。在办理过户手续时，买受人应提供完整的拍卖成交证明和相关法律文件，以确保过户手续的顺利进行。

总结来看，不动产登记证书上确立的20年内不得转让的条款并不妨碍该不动产通过司法拍卖进行转让。然而，在实际操作中，买受人应仔细审查拍卖公告、咨询专业律师并办理过户手续，以确保自身权益的合法性和安全性。如果有任何法律问题，可以直接向我咨询。