药店将小通草当通草销售，这一行为是否违法需结合具体情况判断，但通常情况下可能涉及违法。以下从不同角度进行分析：
一、法律定性角度
以他种药品冒充此种药品：
- 根据《药品管理法》第九十八条第二款第二项，以非药品冒充药品或者以他种药品冒充此种药品的，属于假药范畴。小通草和通草在《中国药典》中有明确的区分，各自有不同的国家标准和来源。若药店故意将小通草冒充通草销售，则可能构成以他种药品冒充此种药品的违法行为。
销售劣药：
- 即便不构成假药，如果药店销售的小通草不符合药品标准（如性状、鉴别等项目不符合《中国药典》规定），也可能被认定为劣药。根据《药品管理法》及相关实施条例，销售劣药同样会受到行政处罚，包括没收违法所得、罚款等。
二、实际案例角度
- 从实际案例来看，已有药店因销售劣药小通草而受到行政处罚的先例。例如，辽宁省药品监督管理局就曾对销售劣药小通草的药店进行处罚，没收违法所得并依据相关法律法规进行了罚款。
三、法律后果角度
行政处罚：
- 药店若被认定为销售假药或劣药，将面临药品监督管理部门的行政处罚，包括没收违法所得、罚款、吊销药品经营许可证等。这些处罚措施旨在维护药品市场的秩序和消费者的合法权益。
民事赔偿：
- 如果消费者因购买并使用了被冒充的通草而遭受损害，药店还可能面临民事赔偿的责任。消费者有权要求药店赔偿因药品质量问题造成的损失，包括医疗费、误工费等。
四、建议与措施
加强专业知识培训：
- 药店应定期组织员工学习《中国药典》和药品管理法规，确保员工能够准确识别和销售药品，避免因专业知识不足而导致的违法行为。
完善进销存管理：
- 药店应严格执行药品进货查验记录制度，确保药品的来源可追溯、质量可控。同时，应规范仓库和柜台的标签管理，避免药品混淆和误售。
强化风险控制：
- 药店应对异常购买行为保持警觉，如遇到只问不买、反复询问细节、主动引导错误等情形时，应谨慎处理并收集完整证据链以应对可能的投诉和索赔。
总结来看，药店将小通草当通草销售的行为可能涉及违法，具体取决于是否构成以他种药品冒充此种药品或销售劣药。为避免法律风险和损失，药店应加强专业知识培训、完善进销存管理并强化风险控制。如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。