在劳动者对其入职时间已经提供初步证据的情形下，工作年限的举证责任应由用人单位承担。以下是对此问题的详细分析：
一、法律依据
《最高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律问题的解释（一）》第四十四条：
- 因用人单位作出的开除、除名、辞退、解除劳动合同、减少劳动报酬、计算劳动者工作年限等决定而发生的劳动争议，用人单位负举证责任。
《关于民事诉讼证据的若干规定》第六条：
- 在劳动争议纠纷案件中，因用人单位作出开除、除名、辞退、解除劳动合同、减少劳动报酬、计算劳动者工作年限等决定而发生劳动争议的，由用人单位负举证责任。
二、举证责任分配的原则
- 谁主张，谁举证：这是民事诉讼中的一般原则。但在劳动争议中，特别是涉及劳动者工作年限的争议时，法律对举证责任进行了特别规定。
- 用人单位负举证责任：当劳动者已经对其入职时间提供了初步证据时，用人单位需要对其计算劳动者工作年限的决定承担举证责任。这是因为用人单位在管理过程中处于主导地位，掌握着更多的证据和信息。
三、司法实践中的情况
- 劳动者提供初步证据：劳动者可以通过提供银行账户交易明细、工资条、劳动合同等证据来证明其入职时间和工作年限。
- 用人单位举证：用人单位需要提供职工档案记载、职工工龄说明、职工花名册以及职工工龄登记表等证据来反驳劳动者的主张。如果用人单位无法提供这些证据，或者提供的证据不足以支持其主张，那么法院或劳动争议仲裁委员会可能会根据劳动者提供的证据来认定其工作年限。
四、劳动者的应对策略
- 保留证据：劳动者在工作过程中应尽可能保留与工作年限相关的证据，如劳动合同、工资条、银行账户交易明细等。
- 及时维权：如果与用人单位就工作年限发生争议，劳动者应及时向劳动争议仲裁委员会或法院提起仲裁或诉讼，以维护自己的合法权益。
五、特殊情况下的举证责任
- 双方均无证据：在双方均无证据材料的情况下，法院或劳动争议仲裁委员会可能会根据公平原则和诚实信用原则，结合当事人的陈述和其他相关证据来综合推定劳动者的工作年限。但这种情况下，劳动者的合法权益可能难以得到全面保护。
- 用人单位抗辩：如果用人单位对劳动者的工作年限提出抗辩，如认为劳动者在工作期间离开单位导致工作年限断裂等，用人单位需要承担举证责任来证明其抗辩主张。
总结与建议：
在劳动争议中，特别是涉及劳动者工作年限的争议时，举证责任通常由用人单位承担。但劳动者也应尽可能保留与工作年限相关的证据，以便在发生争议时能够维护自己的合法权益。如果您就工作年限问题与用人单位存在争议，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议。