核心前提：单位组织紧急集合，但存在部分人员未到岗的情况。针对此问题，需从法律责任、管理措施及后续处理三个角度进行分析。

1. 法律责任层面

   • 劳动合同义务：根据《劳动合同法》第三条，劳动者有义务遵守用人单位的规章制度。若单位已通过合法程序（如员工手册、劳动合同）明确紧急集合属于工作安排，且未到岗行为构成旷工或违反规章制度，单位可依据内部规定对员工进行处分（如警告、扣薪等）。
     
   • 例外情形：若员工因不可抗力（如突发疾病、自然灾害）或已履行请假手续而未到岗，单位不得直接处罚，需核实事实后处理。
     
   • 严重后果处理：若未到岗行为导致单位重大损失（如延误救援、生产事故），单位可依据《劳动合同法》第三十九条解除劳动合同，但需证明损失与员工行为存在直接因果关系。

2. 管理措施层面

   • 即时应对：单位应第一时间联系未到岗人员，确认未到岗原因（如通讯故障、交通问题），并记录沟通情况作为后续处理依据。
     
   • 制度完善：建议单位在规章制度中明确紧急集合的触发条件、通知方式及未到岗的分级处理措施（如首次警告、二次扣薪、三次解除合同），并通过民主程序（如职工代表大会）审议通过，确保制度合法性。
     
   • 培训与演练：定期组织应急演练，明确紧急集合的流程、责任人及联系方式，减少因信息传递不畅导致的未到岗问题。

3. 后续处理层面

   • 调查与取证：对未到岗人员进行个别询问，要求其提供书面说明及证明材料（如医院诊断证明、交通中断证明），避免因信息不对称引发劳动争议。
     
   • 处分程序：若需处分员工，应遵循《企业职工奖惩条例》规定的程序，如提前告知处分事由、听取员工申辩、出具书面处分决定等，确保程序合法。
     
   • 争议预防：在处分决定中明确引用规章制度条款，并告知员工申诉渠道（如工会、劳动仲裁），降低被认定为“违法解除”的风险。

总结建议：单位应优先通过沟通核实原因，再依据制度合法处理；同时完善应急管理制度，从源头减少类似问题发生。若涉及复杂情形（如群体性未到岗、重大损失），建议进一步提供具体细节，以便针对性分析法律风险。