核心结论：若离职申请被公司弄丢，您可采取以下措施来保障自身权益，避免因申请丢失产生不利影响。
及时补交离职申请并留存证据
首先，建议您立即重新向公司提交一份书面离职申请（建议通过EMS邮寄或当面提交并留存签收凭证），同时在申请中注明“此为补交，原申请已提交但未收到公司确认”。若选择当面提交，可要求公司相关人员（如HR或直属领导）在收件时签字确认，并保留好该签字文件作为证据。
若通过EMS邮寄，需在邮寄单上清晰填写收件人信息（公司全称、地址、联系人），并在备注栏注明“离职申请”，同时保留邮寄凭证和物流跟踪记录。这些证据可证明您已履行告知义务，避免公司以“未收到申请”为由拖延或拒绝办理离职手续。
与公司沟通确认离职流程
补交申请后，建议您主动与公司HR或直属领导沟通，明确询问离职流程的推进情况（如工作交接、离职证明开具、工资结算等）。沟通时可通过邮件或书面形式留存记录，例如发送邮件询问：“我已于X月X日补交离职申请，请问公司预计何时安排工作交接？离职证明何时能开具？”
若公司以“原申请丢失”为由要求您延长离职期或拒绝办理手续，您可明确告知公司：根据《劳动合同法》第三十七条，劳动者提前三十日以书面形式通知用人单位，可以解除劳动合同。您已履行通知义务，公司无权单方面延长离职期或拒绝办理手续。
若公司拒不配合，可依法维权
若公司仍以“未收到申请”为由拖延或拒绝办理离职手续，您可向当地劳动监察大队投诉（可通过12333热线或当地人社局官网查询联系方式），或直接向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求公司确认劳动关系已解除，并办理离职手续（如开具离职证明、转移社保关系等）。
仲裁时，您需提供补交离职申请的证据（如EMS邮寄凭证、签收记录、沟通邮件等），以及能证明您已履行通知义务的其他材料（如原申请的复印件、同事证言等）。根据《劳动争议调解仲裁法》第六条，发生劳动争议，当事人对自己提出的主张有责任提供证据，但与争议事项有关的证据属于用人单位掌握管理的，用人单位应当提供；用人单位不提供的，应当承担不利后果。
温馨提示：离职申请是劳动者行使单方解除权的重要依据，建议您在提交时务必保留好相关证据，避免因公司管理疏漏影响自身权益。若在处理过程中遇到具体问题（如公司拒开离职证明、拖欠工资等），可随时向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细解答。