鞋盒在运输过程中破损，责任归属需视具体情况而定，但通常快递公司作为承运人需承担一定责任。以下从不同角度为您详细分析：
一、快递公司责任
承运人责任：
- 根据《民法典》的相关规定，承运人对运输过程中货物的毁损、灭失承担赔偿责任。这意味着，如果鞋盒在运输过程中因快递公司的过失（如包装不当、搬运粗暴等）导致破损，快递公司应当承担相应的赔偿责任。
赔偿范围：
- 快递公司通常只会赔偿鞋盒本身的损失，而不会承担因鞋盒破损导致的其他间接损失（如商家拒绝退货造成的损失）。然而，如果商家因鞋盒破损而拒绝履行“七日无理由退货”义务，且这种拒绝是不合理的（如鞋盒并非具有防伪性、唯一性或收藏纪念价值等特殊附加价值），则消费者有权要求商家履行退货义务，并可追究快递公司因鞋盒破损给消费者带来的间接损失（但这一追究过程可能较为复杂，需要消费者提供充分证据）。
二、商家责任
退货政策合理性：
- 商家以“鞋盒破损影响二次销售”为由拒绝退货，需看其是否事先明示了鞋盒包装具有特殊附加价值（如防伪性、唯一性或收藏纪念价值），并要求消费者进行特定包装保护。如果商家未事先明示，则其拒绝退货的理由可能不成立。
消费者权益保护：
- 根据《消费者权益保护法》的相关规定，消费者有权自收到商品之日起七日内退货，且无需说明理由。同时规定“消费者退货的商品应当完好”，但这里的“完好”通常指的是货物本身，而不宜作扩大解释延展到包装。因此，如果货物本身完好，仅包装破损，商家不应以此为由拒绝退货。
三、消费者应对策略
与商家协商：
- 消费者可以尝试与商家协商，看是否可以扣除鞋盒损失后进行退货。如果商家同意，则问题得到解决；如果商家不同意，消费者可以进一步采取其他措施。
向平台投诉：
- 如果商家拒绝退货且平台支持商家的做法，消费者可以向平台投诉，要求平台介入处理。平台有义务对商家的行为进行监管，并保障消费者的合法权益。
追究快递公司责任：
- 消费者可以向快递公司索赔鞋盒的损失。如果因鞋盒破损导致商家拒绝退货且这种拒绝是不合理的，消费者还可以尝试追究快递公司因鞋盒破损给消费者带来的间接损失（但需注意证据收集和法律程序）。
四、特殊情况说明
- 如果鞋盒确实具有特殊附加价值（如防伪性、唯一性或收藏纪念价值），且商家事先明示了这一点并要求消费者进行特定包装保护，那么消费者在退货时需确保鞋盒完好。否则，商家有权拒绝退货。但这种情况较为特殊，需要商家提供充分证据证明鞋盒具有特殊附加价值，并事先明示了包装要求。
总结与建议：
- 在大多数情况下，如果鞋盒在运输过程中因快递公司的过失导致破损，快递公司应当承担相应的赔偿责任。
- 商家以“鞋盒破损影响二次销售”为由拒绝退货需看其是否事先明示了鞋盒包装的特殊要求。如果未明示，则其拒绝退货的理由可能不成立。
- 消费者在遇到此类问题时，应首先与商家协商；协商无果后，可以向平台投诉或追究快递公司的责任。如有需要，可以直接向我咨询交通运输领域的法律问题。