证据目录和证据材料通常不建议放在一个文档里，而是应分别整理并提交。以下从几个方面详细阐述这一建议：
一、证据目录与证据材料的区分
证据目录：是证据材料的清单，它列明了所有提交的证据材料的名称、来源、证明对象等信息。证据目录的制作有助于清晰地展示证据体系，方便法官和对方当事人了解证据情况。
证据材料：是实际用于证明案件事实的书面材料、视听资料等。证据材料需要按照证据目录的顺序进行整理，并确保其真实性和完整性。
二、分别整理与提交的理由
方便审核：将证据目录和证据材料分别整理，可以使得法官在审核时更加清晰、高效。证据目录提供了证据材料的概览，而证据材料则提供了具体的证明内容。
避免混淆：如果证据目录和证据材料放在一个文档里，可能会导致信息混淆，增加审核的难度。分别整理可以避免这种情况的发生。
符合规范：在司法实践中，通常要求证据目录和证据材料分别提交。这是为了遵循司法程序规范，确保案件处理的公正性和效率。
三、实际操作建议
制作证据目录：可以参照最高院、智慧法院、网站分享、公众号资源等提供的模板来制作证据目录。如果案件较复杂或者证据材料较多，建议先分组别，组别之下再编序号。
整理证据材料：单独建一个Word文档（或多个文档，视证据材料数量而定），依照证据目录的顺序依次放入对应的证据材料，并记得加上页码。对于不同类型的证据材料（如身份证、借条、转账记录等），需要按照特定的要求进行整理和提交。
提交方式：根据法院的要求，可以选择线下提交（含邮寄）或线上提交（网上立案）。线下提交时，需要按照法院要求的份数准备材料；线上提交时，则全部提供电子版即可。但无论哪种方式，都需要确保证据目录和证据材料的清晰、完整。