两个原告的证据目录是否需要分开写，取决于案件的具体情况和法院的诉讼要求。
一般情况：在多数司法实践中，如果两个原告共同提起一个诉讼，并且他们的证据是针对同一事实或法律关系的，那么他们的证据目录可以合并编写。这样做有助于简化诉讼程序，提高诉讼效率。
特殊情况：然而，如果两个原告虽然共同提起诉讼，但他们的证据分别针对不同的事实或法律关系，或者法院有特别要求，那么他们的证据目录应当分开编写。这样做有助于清晰呈现各自的证据和主张，避免混淆。
法院诉讼要求：此外，还需要注意法院的具体诉讼要求。有些法院可能有明确的格式要求或规定，要求每个原告分别提交证据目录。在这种情况下，应当遵循法院的要求进行操作。
综上所述，两个原告的证据目录是否需要分开写，应当根据案件的具体情况和法院的诉讼要求来确定。如果不确定如何操作，可以向法院咨询或寻求专业律师的帮助。在准备证据目录时，应当确保证据的完整性、准确性和关联性，并按照法院的要求进行提交。