若水政部门工作人员对不归其处罚的案件实施了处罚，属于超越职权的行为，应按照以下方式处理相关工作人员：

1. 内部追责机制
   根据《行政机关公务员处分条例》第二十五条，公务员超越职权或违反法定程序处理事务，造成不良后果的，可给予警告、记过、记大过、降级、撤职或开除处分。具体追责程序如下：

   • 调查核实：由水政部门的上级机关或纪检监察部门启动调查，确认处罚行为是否超出法定职权范围。
     
   • 责任认定：根据调查结果，区分直接责任人员（如具体经办人）和领导责任人员（如分管负责人）。
     
   • 处分决定：依据情节轻重，作出相应处分，并书面通知当事人。
     

2. 行政相对人救济途径
   若当事人因错误处罚遭受损失，可通过以下方式维权：

   • 行政复议：向水政部门的上一级行政机关申请复议，要求撤销错误处罚决定（《行政复议法》第九条）。
     
   • 行政诉讼：直接向法院提起行政诉讼，请求确认处罚行为违法并赔偿损失（《行政诉讼法》第十二条）。
     
   • 国家赔偿：若处罚行为被确认违法，当事人可依据《国家赔偿法》第四条，要求赔偿因违法处罚导致的直接财产损失。
     

3. 执法监督与纠正

   • 上级监督：水政部门的上级机关可通过行政监督程序，责令改正错误处罚行为（《行政处罚法》第七十五条）。
     
   • 检察监督：人民检察院可通过行政检察监督，对违法处罚行为提出检察建议（《人民检察院行政诉讼监督规则》）。
     

实务建议：

• 对工作人员而言，若发现处罚行为超出职权范围，应立即停止执行并向上级报告，避免程序违法导致责任扩大。
  
• 对当事人而言，需在法定期限内（如复议60日、诉讼6个月）行使救济权利，逾期可能丧失维权机会。
  

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