供应商以运输发票的方式进行返利，是否构成犯罪，需根据具体情况判断。
一. 返利行为的一般合法性
正常商业活动范围内的返利：如果返利是在正常的商业活动范围内，基于双方的合作协议、市场惯例等给予的合理折扣或激励，通常不构成犯罪。例如，零售商以商品销售额或进货额为依据，向供应商收取返利费用，可视为双方对经营利润分配的约定，不违背相关法律的规定。
返利与商业贿赂的界限：然而，如果返利行为超出了正常商业活动的范畴，涉及不正当手段，如行贿、回扣等，就可能触犯法律。特别是当返利成为谋取不正当利益的手段时，可能构成犯罪。
二. 以运输发票方式进行返利的法律分析
发票的合法开具：根据《中华人民共和国发票管理办法》的相关规定，开具发票应当按照规定的时限、顺序、栏目，全部联次一次性如实开具，并加盖发票专用章。任何单位和个人不得虚开发票，即不得为他人、为自己开具与实际经营业务情况不符的发票。
以运输发票返利的风险：如果供应商以运输发票的方式进行返利，但该发票所反映的运输服务并未实际发生，或者返利金额与运输服务金额不符，就可能构成虚开发票的行为。这不仅违反了发票管理规定，还可能涉及偷逃税款等严重问题。
三. 犯罪构成的考量
行贿罪的构成：根据《中华人民共和国刑法》第三百八十九条的规定，为谋取不正当利益，给予国家工作人员以财物的，是行贿罪。如果供应商以运输发票返利的方式向国家工作人员行贿，以谋取不正当利益，就可能构成行贿罪。
虚开发票罪的构成：根据《中华人民共和国刑法》第二百零五条的规定，虚开增值税专用发票或者虚开用于骗取出口退税、抵扣税款的其他发票的，构成虚开发票罪。如果供应商以运输发票返利的方式虚开发票，就可能触犯此罪名。
我的观点：供应商以运输发票的方式进行返利，本身并不直接构成犯罪，但关键在于该行为是否违反了相关法律法规的规定，特别是是否涉及虚开发票、行贿等违法行为。因此，在进行此类返利操作时，供应商应严格遵守相关法律法规，确保返利的合法性和合规性。如有进一步需要，您可以继续咨询我。