建设工程施工合同纠纷的管辖权主要遵循专属管辖原则，由不动产所在地（即建设工程所在地）的人民法院管辖。以下是对该问题的详细分析：

一、专属管辖原则

根据《中华人民共和国民事诉讼法》及相关司法解释，建设工程施工合同纠纷被视为不动产纠纷，因此适用专属管辖原则。这意味着，无论合同中是否有其他管辖约定，该类纠纷最终都应由工程所在地的人民法院管辖。这一原则旨在确保案件审理与工程实际状况紧密相关，便于法院调查取证和作出公正裁决。

二、协议管辖的限制

尽管合同当事人可以在一定范围内协议选择管辖法院，但这一选择不得违反专属管辖的规定。在建设工程施工合同中，双方不能通过协议将纠纷约定到与建设工程所在地无关的法院管辖。否则，该协议管辖条款将被视为无效，法院将依据专属管辖原则确定管辖法院。

三、合同履行地的确定

在建设工程施工合同中，合同履行地通常与工程所在地一致。若合同中明确约定了履行地点，则该地点即为合同履行地；若合同未约定或约定不明确，则以不动产实际所在地为合同履行地。这一规定有助于明确管辖法院，避免因合同履行地争议而导致的管辖权不明问题。

四、级别管辖的考虑

除了地域管辖外，建设工程施工合同纠纷的管辖还涉及级别管辖。一般情况下，大多数纠纷由基层人民法院管辖。然而，对于标的额较大、在本辖区有重大影响或涉及特定情形的纠纷，可能由中级人民法院甚至更高级别的人民法院管辖。具体标准依据当地相关规定确定，例如，某些经济发达地区可能设定亿元以上标的额由中级人民法院一审。

五、特殊情况下的管辖权确定

1. 与建设工程相关的其他纠纷：若建设工程施工合同纠纷涉及其他法律关系，如工程质量鉴定、工程款结算审计等，通常结合主合同的管辖约定或法定管辖规定来确定管辖权。这有助于确保相关纠纷能够得到统一、高效的解决。
2. 多个法院都有管辖权：当多个法院对同一建设工程施工合同纠纷都有管辖权时，原告可以向其中一个有管辖权的法院起诉。原告可以根据自身便利和诉讼策略选择管辖法院，但需确保所选法院符合专属管辖和级别管辖的规定。

六、实践中的注意事项

1. 明确管辖条款：在签订建设工程施工合同时，建议双方明确约定管辖条款，以避免后续纠纷发生时的管辖争议。但需注意，该条款不得违反专属管辖的规定。
2. 收集证据：无论选择哪种方式解决纠纷，当事人都应充分收集与工程相关的证据，如施工记录、验收文件等。这些证据有助于证明合同履行地与工程所在地的关联性，从而支持己方的管辖主张。

建议：在签订建设工程施工合同时，务必明确约定管辖条款，并确保该条款符合法律规定。在纠纷发生时，及时咨询专业律师，了解管辖权的相关规定，以便采取合适的法律措施维护自身权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。