针对您提出的“公司欠个人借款超过3年是否必须确认收入”的问题，这主要涉及到企业所得税中关于应付款项的税务处理规定。以下是根据相关税务法规的详细解答：
一、税务处理原则
根据多个地方税务局的明确答复，企业因债权人原因确实无法支付的应付款项，包括超过三年未支付的应付账款，通常应并入当期应纳税所得额缴纳企业所得税。这一原则旨在确保税收的公平性和合理性，防止企业通过长期挂账来规避税收。
二、具体税务规定
辽宁省大连市地方税务局的规定：
- 《辽宁省大连市地方税务局关于企业所得税若干税务事项衔接问题的通知》(大地税函〔2009〕91号)第十二条明确指出，企业因债权人原因确实无法支付的应付款项，包括超过三年未支付的应付账款，应并入当期应纳税所得额缴纳企业所得税。
- 但如果企业能够提供确凿证据（如债权人承担法律责任的书面声明或债权人主管税务机关的证明等）证明债权人没有确认损失并在税前扣除，则可以不并入当期应纳税所得额。
河北省国家税务局的规定：
- 《河北省国家税务局关于企业所得税若干政策问题的公告》(河北省国家税务局公告2014年第5号)第二条也作出了类似规定，即企业确实无法偿付的应付款项，包括超过三年未支付的应付款项，应计入当期应纳税所得额缴纳企业所得税。
- 同样，如果企业能提供确凿证据证明债权人没有确认损失并在税前扣除，则可以不计入当期应纳税所得额。
三、特殊情况处理
- 如果已并入当期应纳税所得额的应付账款在以后年度支付，根据相关规定，在支付年度允许税前扣除。
- 对于应收账款的坏账损失，如果符合一定条件（如逾期三年以上、会计上已作为损失处理等），并提供了相关证据材料，也可以在企业所得税前扣除。但这一规定主要针对应收账款，与应付账款的税务处理有所不同。
四、建议与操作
- 提供确凿证据：如果公司认为某笔超过三年的应付账款确实无需确认收入，应积极收集并保存相关证据，以证明债权人没有确认损失并在税前扣除。
- 咨询专业机构：由于税务处理涉及复杂的法规和政策，建议公司在处理此类问题时咨询专业的税务机构或律师，以确保合规性并降低税务风险。
- 及时申报与缴纳：如果公司确认某笔应付账款需要并入当期应纳税所得额，应及时进行税务申报并缴纳相应的税款，以避免潜在的税务处罚。
综上所述，公司欠个人借款超过3年是否必须确认收入，主要取决于是否能提供确凿证据证明债权人没有确认损失并在税前扣除。如果不能提供此类证据，则通常需要并入当期应纳税所得额缴纳企业所得税。