旷工三天扣2000违约金是否违法，需结合具体情况判断，但通常情况下，若该违约金数额过高或缺乏合法依据，则可能违法。以下从不同角度进行分析：

1. 劳动合同或公司规章制度的合法性

• 合法依据：首先，需查看劳动合同或公司规章制度中是否明确规定了旷工的处罚措施，包括扣减工资或违约金的数额。若合同或制度中有明确规定，且该规定不违反法律法规的强制性规定，则公司有权按照约定执行。
• 违法情形：然而，如果劳动合同或公司规章制度中的规定违反了法律法规的强制性规定（如扣减工资超过法定比例、未经过民主程序制定等），则该规定无效，公司不能据此扣减员工工资或要求支付违约金。

2. 违约金数额的合理性

• 法定限制：根据《劳动合同法》等相关法律法规，用人单位与劳动者约定的违约金数额应当合理，不得过高。如果旷工三天扣2000元违约金明显过高，超出了劳动者因旷工给用人单位造成的实际损失，那么该违约金数额可能被认定为不合理。
• 实际损失：在判断违约金数额是否合理时，应考虑劳动者旷工给用人单位造成的实际损失。如果扣减的违约金数额远超过实际损失，那么该扣减行为可能违法。

3. 法律后果与建议

• 法律后果：如果公司违法扣减员工工资或要求支付不合理的违约金，员工有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求公司返还违法扣减的工资或违约金，并可能获得相应的赔偿。
• 建议：对于员工而言，如果遭遇此类情况，建议首先与公司协商解决；协商无果的，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。同时，员工应保留好相关证据（如劳动合同、工资条、旷工记录等），以便在维权过程中提供有力支持。

4. 特殊情况考虑

• 行业惯例：在某些特殊行业或岗位中，可能存在行业惯例或特殊规定对旷工行为有更为严格的处罚措施。然而，即使如此，这些处罚措施也应符合法律法规的强制性规定，不得侵犯劳动者的合法权益。
• 员工过错程度：在判断违约金数额是否合理时，还应考虑员工的过错程度。如果员工故意旷工或多次旷工，给用人单位造成较大损失的，那么公司可能要求支付较高的违约金；但如果员工因特殊原因（如突发疾病、家庭紧急情况等）旷工，且已及时向公司说明情况的，那么公司应酌情考虑扣减的违约金数额。

总结来说，旷工三天扣2000违约金是否违法需结合具体情况判断。如果劳动合同或公司规章制度中的规定合法且合理、违约金数额未超过法定限制且符合实际损失情况，则公司有权按照约定执行；否则，该扣减行为可能违法。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。