在非法运输烟草的案件中，判断行为人是否“明知”其行为违法，主要依据行为人的主观认知、客观行为以及相关证据进行综合判断。以下从几个角度详细分析：

1. 主观认知的直接证据

• 行为人自认：若行为人在接受调查时，直接承认其知道运输的烟草没有合法手续（如无准运证），或明知运输的烟草来源非法（如走私、假冒），则可直接认定其“明知”。
• 过往经历：若行为人曾因非法运输烟草被处罚过，或从事过烟草相关行业，对合法运输的要求有清晰认知，则其再次实施类似行为时，可推定其“明知”。

2. 客观行为的推定

• 无合法手续运输：根据《中华人民共和国烟草专卖法》及其实施条例，运输烟草专卖品必须持有烟草专卖行政主管部门签发的准运证。若行为人无法提供准运证，且无法证明其运输的烟草有合法来源（如购买发票、合同等），则可推定其“明知”运输行为非法。
• 运输方式异常：若行为人选择隐蔽、非正常的运输方式（如夜间运输、伪装运输、使用无标识车辆等），或运输路线避开检查站，可视为其试图逃避监管，从而推定其“明知”。
• 运输数量与价值：若运输的烟草数量巨大、价值高昂，远超个人自用范围，且行为人无法合理解释其运输目的，可推定其“明知”运输行为可能涉及非法经营。

3. 相关证据的辅助判断

• 证人证言：若有目击者证明行为人知道运输的烟草非法，或行为人曾向他人提及运输的烟草无合法手续，可作为认定“明知”的证据。
• 通讯记录：若行为人的手机、微信等通讯记录中，有涉及非法运输烟草的讨论或安排，可证明其主观上知道运输行为非法。
• 交易记录：若行为人的银行账户、支付记录中，有与非法烟草交易相关的资金往来，可证明其参与非法运输并“明知”行为性质。

4. 法律后果与“明知”的关联

• 刑事责任：根据《最高人民法院、最高人民检察院关于办理非法生产、销售烟草专卖品等刑事案件具体应用法律若干问题的解释》，若行为人“明知”是非法运输烟草而实施，且情节严重（如非法经营数额在五万元以上，或违法所得数额在二万元以上），则可能构成非法经营罪，面临刑事处罚。
• 行政责任：即使行为人未达到刑事犯罪的标准，若其“明知”是非法运输烟草而实施，仍可能面临行政处罚，如罚款、没收违法所得等。

5. 实务中的判断标准

• 综合判断：在实务中，法院或行政机关会结合行为人的主观认知、客观行为及相关证据，进行综合判断。若行为人无法提供合理解释或证据证明其“不知情”，则通常会推定其“明知”。
• 严格责任：在非法运输烟草的案件中，法律对行为人的主观状态往往采取严格责任原则，即只要行为人实施了非法运输行为，且无法证明其“不知情”，则可能被认定为“明知”。

建议：若您或他人涉及非法运输烟草的案件，务必及时咨询专业律师，提供详细案情及证据，以便律师准确判断行为人的主观状态，并制定有效的辩护策略。同时，遵守法律法规，避免参与任何非法运输烟草的行为，以免承担不必要的法律责任。