当面临强奸罪指控但证据不足的情况时，处理流程会根据案件所处的不同阶段而有所差异。以下是一个清晰、详细且有深度的解答：
一、侦查阶段
在侦查阶段，如果公安机关发现强奸罪的证据不足，他们会尽力进行补充侦查，以收集更多能证明犯罪事实的证据。这可能包括重新勘查现场、寻找新的证人、进行更深入的调查等。然而，如果经过努力仍无法补充到充足的证据，为了避免浪费司法资源和保障当事人的合法权益，公安机关可能会考虑撤销案件。
二、审查起诉阶段
当案件进入审查起诉阶段，检察院会接过案件并进行审查。如果检察院认为证据不足，他们有两种处理办法：
要求公安机关再次补充侦查：检察院可以要求公安机关进一步补充证据，以完善案件的证据链。
检察院自己展开侦查：在某些情况下，检察院也可能自行展开侦查工作，以获取更多证据。
如果经过补充侦查后，证据依旧不充足，不符合起诉条件，检察院就会作出不起诉的决定。这意味着，由于证据不足，检察院认为无法对犯罪嫌疑人提起公诉。
三、审判阶段
如果案件进入了审判阶段，法院会依据现有证据进行判断。如果证据不足，无法证明指控的犯罪成立，法院就会作出无罪判决。这是基于“疑罪从无”的原则，即在没有充分证据证明犯罪的情况下，应判定被告人无罪。
四、特殊情况与后续处理
需要注意的是，在司法实践里，对证据的审查判断是非常严格的。必须形成完整的证据链才能认定犯罪。然而，即使因为证据不足没有追究刑事责任，但之后如果发现了新的证据，并且这些证据符合相关条件，依旧可以重新启动刑事诉讼程序。这意味着，如果未来有新的证据出现，案件可能会再次被提起诉讼。
五、实际案例说明
以小朱指控小李对其实施强奸罪为例：
侦查阶段：公安机关介入侦查，但因现场证据被破坏、证人证言模糊等原因，现有证据难以形成完整证据链。
审查起诉阶段：案件进入审查起诉阶段后，检察院要求公安机关补充侦查。但补充侦查后，证据依旧不足。此时，检察院应作出不起诉决定。
审判阶段：如果案件进入了审判阶段，且证据状况仍未改善，法院应依法作出无罪判决。
后续处理：若之后发现新证据且符合条件，可重新启动刑事诉讼程序。
综上所述，当强奸罪指控因证据不足时，处理流程会根据案件阶段的不同而有所差异。但无论如何处理，都应遵循法律原则，保障当事人的合法权益，并确保司法公正。