工商局不认可同栋建筑物的商业业主为利害关系人时，首先需明确的是，根据相关法律法规，同栋建筑物内的其他业主通常应被认定为有利害关系的业主。以下是对此问题的详细分析：

一、法律依据

1. 《中华人民共和国民法典》第二百七十九条：业主不得违反法律、法规以及管理规约，将住宅改变为经营性用房。业主将住宅改变为经营性用房的，除遵守法律、法规以及管理规约外，应当经有利害关系的业主一致同意。

2. 《最高人民法院关于审理建筑物区分所有权纠纷案件适用法律若干问题的解释》(法释〔2020〕17号)第十一条：业主将住宅改变为经营性用房，本栋建筑物内的其他业主，应当认定为民法典第二百七十九条所称“有利害关系的业主”。建筑区划内，本栋建筑物之外的业主，主张与自己有利害关系的，应证明其房屋价值、生活质量受到或者可能受到不利影响。

二、法律分析

1. 同栋建筑物内商业业主的地位：

   • 根据上述法律规定，同栋建筑物内的其他业主，无论其用途是住宅还是商业，均应被视为有利害关系的业主。这是因为他们的房屋价值、生活质量等可能因同栋建筑物内住宅改变为经营性用房而受到影响。

2. 工商局不认可的处理方式：

   • 如果工商局不认可同栋建筑物的商业业主为利害关系人，这可能与法律规定相悖。在此情况下，商业业主可以采取以下措施：
     • 提供法律依据：向工商局提供上述法律条款，说明同栋建筑物内的其他业主应被视为有利害关系的业主。
     • 申请行政复议或提起行政诉讼：如果工商局仍然坚持其立场，商业业主可以申请行政复议或提起行政诉讼，以维护自己的合法权益。

三、建议与措施

1. 收集证据：

   • 商业业主应收集相关证据，如房屋产权证、同栋建筑物内其他业主的联系方式等，以证明自己与住宅改变为经营性用房的行为存在利害关系。

2. 与工商局沟通：

   • 在提供法律依据和证据的基础上，与工商局进行沟通，解释自己的立场和诉求，争取得到工商局的理解和支持。

3. 寻求法律援助：

   • 如果商业业主在处理此问题过程中遇到困难或法律问题，可以寻求专业律师的法律援助，以确保自己的合法权益得到维护。

综上所述，工商局不认可同栋建筑物的商业业主为利害关系人时，商业业主应依据相关法律法规进行维权。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。