关于国企夫妻是否可以在一个单位不同部门工作的问题，这主要取决于具体的岗位设置、公司政策以及相关法律法规的要求。

首先，从法律法规的角度来看，《事业单位人事管理回避规定》（虽然主要针对事业单位，但国企在人事管理上往往也有类似的回避原则）中明确提到，有夫妻关系的工作人员不得在同一单位聘用至具有直接上下级领导关系的管理岗位，也不得在其中一方担任领导人员的情况下，聘用至从事组织（人事）、纪检监察、审计、财务等敏感工作的岗位。这是为了防止利益冲突和不当行为的发生。

对于国企而言，虽然可能没有直接针对夫妻在同一单位不同部门工作的明确禁令，但公司内部政策或文化可能会对此有所规定。一些国企为了维护公平、公正的工作环境，避免潜在的利益冲突，可能会制定更为严格的回避政策。

此外，还需要考虑岗位性质和工作内容。如果夫妻双方所在的部门之间没有直接的利益关联或管理关系，且工作性质不会因夫妻关系而产生不当影响，那么他们在同一单位不同部门工作可能是被允许的。

然而，如果夫妻双方中的一方担任领导职务，而另一方在其管辖的部门或相关联的部门工作，这可能会引发利益冲突的担忧。在这种情况下，公司可能会要求其中一方进行岗位调整，以避免潜在的问题。

总结来说，国企夫妻是否可以在一个单位不同部门工作，并没有一个绝对的答案。它取决于具体的岗位设置、公司政策、相关法律法规以及岗位性质和工作内容。为了确保合规性和避免潜在的利益冲突，建议夫妻双方在入职前或岗位调整时，与公司的人力资源部门或相关管理部门进行沟通，了解并遵守公司的相关规定和政策。