结论前置：信用卡逾期与烟草公司扣款分属不同法律关系，需分情况处理。以下是具体分析及建议：

1. 若烟草公司扣款与信用卡逾期无直接关联

• 核心前提：烟草公司扣款通常基于您与其的消费合同（如购买香烟），而信用卡逾期是您与银行之间的债务问题，二者法律关系独立。
• 处理建议：
  • 核实扣款原因：立即联系烟草公司，确认扣款是否因您授权的自动扣费（如绑定账户支付烟款）或存在误扣。若为误扣，要求其退还并出具书面说明。
  • 检查授权协议：若您曾授权烟草公司从某账户扣款，需确认该账户是否与逾期信用卡关联。若无关，扣款行为合法，您需另行解决信用卡逾期问题。

2. 若烟草公司扣款与信用卡逾期存在间接关联

• 可能情形：
  • 绑定还款账户：若您将信用卡绑定为烟草公司扣款的支付账户，且因逾期导致账户余额不足，烟草公司可能因扣款失败产生违约金或影响您的消费记录。
  • 第三方代扣：部分烟草公司可能通过第三方支付平台代扣，若该平台与信用卡关联，逾期可能导致代扣失败或额外费用。
• 处理建议：
  • 解绑或更换账户：立即解除信用卡与烟草公司扣款的绑定，更换为其他有效账户，避免因逾期影响正常消费。
  • 协商减免费用：若因逾期导致烟草公司扣款失败并产生费用，可尝试与其协商减免，但需以书面形式确认。

3. 信用卡逾期的直接处理

• 核心前提：信用卡逾期可能引发违约金、利息、征信记录受损等后果，需优先解决。
• 处理建议：
  • 主动联系银行：说明逾期原因，申请延期还款、分期还款或减免部分费用。银行可能根据您的信用记录和还款能力提供方案。
  • 避免进一步逾期：即使无法全额还款，也需按最低还款额支付，防止逾期记录恶化。
  • 关注征信记录：逾期后，银行可能上报征信系统。若已上报，可在还清欠款后申请修复（需符合征信管理条例）。

4. 法律风险提示

• 烟草公司扣款纠纷：若烟草公司未经授权扣款，您可依据《民法典》第122条（不当得利）或《消费者权益保护法》第55条（欺诈行为）主张权利，要求返还扣款并赔偿损失。
• 信用卡逾期后果：长期逾期可能被银行起诉，甚至涉及刑事责任（如恶意透支）。根据《刑法》第196条，恶意透支数额较大（5万元以上）且经催收不还的，可能构成信用卡诈骗罪。

总结：信用卡逾期与烟草公司扣款需分开处理，优先解决逾期问题以避免法律风险，同时核实烟草公司扣款的合法性。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体法律问题。