面对信用卡逾期被扣了违约金（需说明的是，自2017年1月1日起，中国人民银行已取消信用卡滞纳金，改为由发卡机构和持卡人协议约定违约金）的情况，你可以按照以下步骤来处理，以减少经济损失并维护个人信用：
一、确认逾期及违约金详情
- 查阅合同与账单：首先，仔细查阅你的信用卡领用合约，了解逾期违约金的收取标准和方式。同时，核对银行提供的账单，确保违约金的计算与银行实际扣除的金额一致。
- 核实逾期事实：确认自己是否真的逾期了，以及逾期的天数。有时候，由于银行系统故障或还款到账延迟，可能会导致误扣违约金，所以这一步的核实很重要。
二、处理不合理或误扣的违约金
- 与银行客服沟通：如果你发现违约金计算不合理或存在误扣情况，应立即拨打银行信用卡客服电话，清晰、准确地表达你的疑问，并提供相关证据，如还款凭证、交易记录等。
- 要求银行处理：若经核实确实存在误扣，应要求银行撤销违约金扣除，并恢复你的账户正常状态。在沟通过程中，保持冷静和理性，避免与客服人员发生冲突。如果客服无法当场解决，你可以耐心等待并跟进处理进度。
三、与银行协商合理还款计划
- 提出协商申请：如果违约金是合理的，但你目前还款有困难，可以向银行说明逾期的原因，如突发疾病、失业等，并表达你积极还款的意愿。
- 提供证明材料：为了增加协商成功的几率，你可以提供医院诊断证明、失业证明、收入证明等，以证实你的经济困难状况。
- 制定个性化还款方案：与银行协商降低违约金、延长还款期限或制定其他个性化的还款方案，确保还款计划符合你的实际还款能力。
四、严格执行还款计划并关注信用记录
- 按时还款：严格按照与银行协商好的还款计划执行，按时足额还款，这是修复信用的关键步骤。
- 定期查看信用报告：定期查看你的个人信用报告，了解逾期记录的更新情况，确保没有新的不良记录产生。如果发现信用记录有误，应及时向相关机构提出异议并要求更正。
五、加强财务管理与后续管理
- 合理规划支出：为了避免未来再次逾期，建议你合理规划支出，确保能够按时偿还信用卡欠款。
- 设置还款提醒：可以设置还款提醒或绑定银行账户进行自动扣款，以降低逾期风险。
- 持续关注账户状态：定期查看你的信用卡账户状态，确保没有遗漏任何重要信息或通知。
综上所述，面对信用卡逾期被扣违约金的情况，你应先确认逾期及违约金详情，然后处理不合理或误扣的违约金，接着与银行协商合理的还款计划，并严格执行还款计划并关注信用记录，最后加强财务管理与后续管理。通过这些步骤，你可以有效地应对信用卡逾期问题，并保护自己的合法权益。