关于项目招标多招40万且已过两年，乡镇书记可能承担的责任，需分情况讨论：
若招标过程存在违法行为，如串通投标、行贿受贿等：
- 法律责任：根据《中华人民共和国招标投标法》及相关规定，若招标过程中存在违法行为，如串通投标、行贿受贿等，相关责任人，包括乡镇书记（若其参与或知情），可能面临行政处罚，甚至刑事责任。行政处罚可能包括警告、罚款、没收违法所得等；刑事责任则可能涉及受贿罪、串通投标罪等，具体取决于违法行为的性质和情节。
- 时间因素：虽然已过两年，但根据《中华人民共和国刑法》关于追诉时效的规定，若违法行为未超过追诉时效期限（通常为五年，特殊情况下可延长），相关责任人仍可能被追究刑事责任。行政处罚则不受追诉时效限制，只要发现违法行为，即可进行处罚。
若招标过程合法，但多招40万涉及决策失误或管理不当：
- 法律责任：若招标过程本身合法，但多招40万是由于决策失误或管理不当导致的，乡镇书记可能面临内部纪律处分或行政问责。这取决于其所在单位或上级部门的内部规定和管理制度。
- 时间因素：内部纪律处分或行政问责通常不受时间限制，只要问题被发现并认定，即可进行相应处理。但需注意，若涉及财务问题，可能还需考虑审计和财务监管的相关规定。
若乡镇书记未直接参与招标过程，但负有领导责任：
- 法律责任：若乡镇书记未直接参与招标过程，但作为单位领导，对招标过程负有监督或管理责任，且因疏忽或未尽到职责导致多招40万的情况发生，其可能面临行政问责或内部纪律处分。这种责任通常属于领导责任或管理责任。
- 时间因素：同样，这种责任的处理不受时间限制，只要问题被发现并认定，即可进行相应处理。
建议与后续行动：
- 核实事实：首先，需要核实招标过程是否合法，以及多招40万的具体原因和背景。这有助于确定乡镇书记可能承担的责任类型和程度。
- 咨询专业律师：由于涉及法律责任和可能的刑事处罚，建议乡镇书记或相关单位咨询专业律师，以获取更准确的法律意见和指导。
- 配合调查：若相关部门或机构对招标过程进行调查，乡镇书记应积极配合，提供必要的信息和证据，以澄清事实并减轻可能的责任。
最后，每个案件的具体情况都有所不同，因此上述分析仅为一般性指导。若您或相关单位面临类似问题，建议直接向我咨询，以便提供更具体和针对性的法律建议。