门店低价转让在符合相关法律法规的情况下是合法的。以下是对此问题的详细分析：
基于双方真实意愿的转让：
- 若转让双方（即卖家和买家）都是基于真实意愿进行协商，并达成了一致，且不存在欺诈、胁迫等违法情形，那么价格的高低通常不会影响转让行为的合法性。这是因为法律尊重当事人的意思自治，即当事人有权根据自己的意愿决定交易的价格和条件。
遵守相关法律法规：
- 门店转让需要遵守《民法典》等相关法律规定。例如，转让过程中的合同条款必须合法、明确，双方的权利义务必须清晰。如果转让涉及房屋租赁，还需要确保转让行为得到了房东的同意，否则可能会因违反租赁合同而导致转让无效。
考虑税务问题：
- 门店转让还可能涉及税务问题。根据税法规定，转让门店可能需要缴纳相应的税费，如增值税、印花税等。因此，在转让过程中，双方需要按照规定进行纳税申报，并缴纳相应的税费。
综上所述，门店低价转让在符合相关法律法规的情况下是合法的。但需要注意的是，转让双方必须确保交易的真实性和合法性，遵守相关法律法规和税务规定，以避免可能的法律风险和纠纷。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。