交通部对违法所得是会扣除成本的。在具体操作中，通常会考虑实际发生的成本来进行计算。以下是详细解释：

法律背景

在交通运输领域，违法所得的计算是一个重要环节，它直接关系到对违法行为的处罚力度。根据相关法律法规，违法所得是指通过违法行为所获得的收入，但在计算这一收入时，并非简单地将全部收入视为违法所得，而是会扣除相应的成本。

成本扣除的原则

1. 实际发生原则：扣除的成本必须是实际发生的，且有明确的证据支持。不能凭空捏造或虚报成本，否则将可能面临更严重的法律后果。
2. 合理性原则：扣除的成本应当是合理的，与违法行为直接相关。例如，在运输过程中产生的油费、过路费、车辆维修费等，这些费用是运输活动的正常开支，可以在计算违法所得时予以扣除。
3. 合法性原则：扣除的成本必须是合法的，不能包含任何非法支出。如果成本中包含非法支出，那么这部分支出将不能被扣除。

实例说明

假设某运输公司因超载被查处，其违法所得的计算如下：

• 总收入：该公司通过超载运输获得的全部收入。
• 扣除成本：包括运输过程中实际发生的油费、过路费、车辆维修费等合理且合法的支出。
• 违法所得：总收入减去扣除成本后的余额。

法律建议

对于交通运输领域的从业者来说，了解违法所得的计算方法是非常重要的。在面临可能的违法行为时，应该积极配合相关部门的调查，如实提供成本证据，以确保违法所得的准确计算。同时，也要加强自身的法律意识，遵守相关法律法规，避免违法行为的发生。

总之，交通部在计算违法所得时是会扣除成本的，但扣除的成本必须满足实际发生、合理性和合法性的原则。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律咨询，可以直接向我提问。