有限公司办理收款码是合法的，但安全性需要公司自行采取相应措施来确保。

首先，从法律角度来看，有限公司作为合法的商业实体，有权根据业务需要办理收款码来方便客户支付。收款码本身并不违反任何法律规定，只要其使用符合相关法律法规的要求，如《支付结算办法》等。

然而，安全性方面则是公司需要特别关注的。为了确保收款码的安全，公司应该：

1. 选择正规渠道办理：通过银行或正规第三方支付平台办理收款码，避免使用不明来源或非法渠道，以减少潜在的风险。
2. 加强账户管理：建立完善的账户管理制度，确保收款账户的安全。包括设置复杂的密码、定期更换密码、限制账户访问权限等。
3. 监控交易情况：定期检查收款码的交易记录，及时发现并处理异常交易。同时，也要关注客户的反馈和投诉，及时处理相关问题。
4. 采取技术防护措施：使用防火墙、加密技术等手段保护收款码系统的安全，防止黑客攻击和数据泄露。

综上所述，有限公司办理收款码是合法的，但在使用过程中需要特别注意安全性问题。通过选择正规渠道办理、加强账户管理、监控交易情况以及采取技术防护措施等措施，可以有效降低收款码使用的风险。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。