确实存在事故认定书不认电动车为机动车，而法院最终判为机动车的情况。以下是对此问题的详细分析：

一、事故认定与法院判决的差异

在交通事故处理中，事故认定书是公安机关交通管理部门根据现场勘验、检查、调查情况和检验、鉴定结论制作的重要文件，用于载明事故的基本事实、成因及当事人责任。然而，事故认定书对于电动车是否属于机动车的认定，并不总是与法院的最终判决一致。

二、实际案例分析

有案例中，电动三轮车在交通事故中被司法中心鉴定为机动车中的电动正三轮轻便摩托车，但事故认定书可能并未将其认定为机动车。然而，在后续的法院审理过程中，法院根据相关法律法规和国家标准，以及电动车的实际性能、速度等因素，最终判决该电动车为机动车。

三、法律依据与认定标准

1. 法律依据：

   • 《中华人民共和国道路交通安全法》及相关国家标准，如《电动自行车安全技术规范》、《摩托车和轻便摩托车术语》以及《机动车运行安全技术条件》等，是判断电动车是否属于机动车的重要依据。

2. 认定标准：

   • 最高设计车速、整车质量、动力装置与电机功率、脚踏骑行能力以及其他因素，如电动车的用途和属性等，都是判断电动车是否属于机动车的关键指标。

四、法律后果与建议

1. 法律后果：

   • 若电动车在交通事故中被法院最终判定为机动车，其驾驶者需承担与机动车相同的法律责任和义务，包括持有相应的驾驶证、车辆上牌照并购买保险等。在事故责任划分中，也将按照机动车的标准承担责任。

2. 建议：

   • 电动车驾驶者应了解并遵守相关法律法规和国家标准，确保自身和他人的安全。
   • 在购买电动车时，应关注其性能参数和是否符合国家标准，以避免因车辆性质问题而引发法律纠纷。
   • 若发生交通事故且对事故认定有异议，应及时咨询专业律师并寻求法律援助，以维护自身合法权益。

综上所述，确实存在事故认定书不认电动车为机动车而法院最终判为机动车的情况。这主要取决于电动车的实际性能、速度等因素以及相关法律法规和国家标准的判断依据。因此，在处理涉及电动车的交通事故时，应综合考虑多方面因素并依法进行判定。