军方土地清退纠纷可以通过协商调解和诉前调解等程序妥善处理。具体分析如下：

一. 协商调解

• 在军方土地清退纠纷中，首先可以尝试通过协商的方式解决。这通常涉及军方、土地使用者（如学校、村委会等）以及相关部门（如人武部门、气象局、教育局、镇政府等）的参与。
• 各方应共同协商，寻求一个既能满足军方战备需要，又能兼顾土地使用者利益的解决方案。例如，在本案例中，通过多方会诊，最终达成了解除委托书并腾退土地的调解协议。

二. 诉前调解

• 如果协商未能达成一致，军方可以选择将相关资料备齐到人民法院准备起诉。但在此之前，人民法院可以优先启动诉前调解程序，以更快、更高效地解决纠纷。
• 人民法院应制定详细的诉前调解方案，并组织相关部门和负责人进行调解。通过这一程序，可以在诉讼之前化解矛盾，减少不必要的法律程序和时间成本。
• 在本案例中，市人民法院就通过开辟绿色通道，优先启动诉前调解程序，最终成功达成了调解协议。

我建议在处理军方土地清退纠纷时，应优先考虑协商调解和诉前调解等程序，以寻求一个既公平又高效的解决方案。同时，各方也应保持沟通和理解，共同推动纠纷的妥善解决。如有进一步需要，您可以继续咨询我。