长期工作12个小时，在未经合法审批且未支付相应加班费的情况下，是违反劳动法的。以下从法律规定、特殊工时制度、以及劳动者权益保护三个维度进行详细分析：

一、法律规定层面

根据《中华人民共和国劳动法》第三十六条的规定，国家实行劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时的工时制度。这一规定明确了标准工时的上限，旨在保护劳动者的休息权益。同时，《劳动法》第四十一条进一步指出，用人单位由于生产经营需要，经与工会和劳动者协商后可以延长工作时间，但一般每日不得超过一小时；因特殊原因需要延长工作时间的，在保障劳动者身体健康的条件下延长工作时间每日不得超过三小时，但是每月不得超过三十六小时。因此，从法律条文来看，未经法定程序批准或超出法定时长的12小时工作制，直接违反了劳动法的强制性规定。

二、特殊工时制度下的考量

尽管存在上述限制，但在特定情形下，如实行不定时工作制或综合计算工时工作制，可能允许延长工作时间。不过，这些特殊工时制度需要经过劳动行政部门的批准，并且要确保劳动者的休息休假权利得到保障。

1. 综合计算工时工作制：在这种制度下，计算周期内总工作时间超过法定标准工作时间的部分，应视为延长工作时间，并按规定支付劳动者延长工作时间的工资。例如，以周为计算周期，若一周内总工作时长超过40小时，超出部分要按延长工作时间支付工资。因此，在这种情况下，12小时工作制不一定违反劳动法，但需确保综合计算周期内总工时不超法定标准，并依法支付加班费。

2. 不定时工作制：在这种制度下，虽然没有固定的工作时间限制，但用人单位同样要保障职工的休息休假权利，并在法定节假日安排职工工作时按规定支付加班工资。

但需注意的是，即使实行特殊工时制度，也需遵守“每日最长11小时（正常8小时+最多3小时加班）、每月最多36小时”的加班时长限制。任何突破该界限的安排，均可能构成违法。

三、劳动者权益保护

对于劳动者而言，应了解自己的工作时间权益和加班费支付标准。如果遭遇超时用工，劳动者有权拒绝，并可以通过以下途径维护自己的合法权益：

1. 与用人单位协商：要求调整工时并补发加班费。
2. 向劳动监察部门投诉：如果用人单位拒绝调整或补发加班费，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉，要求其对用人单位的违法行为进行查处。
3. 申请劳动仲裁或提起诉讼：如果投诉未果，劳动者还可以申请劳动仲裁或提起诉讼，要求用人单位承担相应的法律责任。

温馨提示：在实际操作中，判断12小时工作制是否违法，需结合具体工时制度、加班审批程序、加班费支付以及劳动者休息休假权利保障等多方面因素综合判断。如果您或您身边的人遇到了类似的问题，建议直接向我咨询，以便更准确地评估情况并维护自身权益。