村民自制分配土地赔偿款方案不合法，上法院民事起诉，法院是否会受理，需分情况讨论：
一、法院可能受理的情况
分配方案侵害个人合法权益：
- 若村民认为分配方案直接侵害了其个人合法权益，例如未按照法定标准分配、遗漏分配对象或存在其他明显不公的情形，且该方案并非通过民主议定程序合法产生，村民可以以自身名义起诉，要求法院审查分配方案的合法性，并判决支付相应款项。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，农民集体所有的财产由本集体成员决定使用、分配办法，但分配办法必须合法、公正，不得侵害集体成员的合法权益。
分配方案违反法律法规的强制性规定：
- 若分配方案违反了法律法规的强制性规定，如未遵循土地管理法、农村土地承包法等相关法律的规定，村民同样可以起诉，要求法院宣告该方案无效，并责令重新制定合法方案。
- 法律依据：根据相关法律法规，土地补偿款的分配必须遵循法定程序和标准，任何违反法律法规的分配方案均可能被法院认定为无效。
二、法院可能不予受理的情况
分配方案属于村民自治范畴：
- 若分配方案是经过民主议定程序（如村民会议或村民代表会议）合法产生的，且仅涉及对分配方案本身的异议，未涉及侵害个人合法权益的具体行为，法院可能认为该事项属于村民自治范畴，不属于民事案件受理范围，从而不予受理。
- 法律依据：根据《中华人民共和国村民委员会组织法》的相关规定，涉及村民利益的分配方案等事项，应经村民会议讨论决定。法院通常尊重村民自治权，不会轻易干预村民自治范围内的事项。
未遵循法定起诉条件：
- 若村民的起诉不符合法定起诉条件，如原告与本案无直接利害关系、无明确被告、无具体诉讼请求和事实理由等，法院将不予受理。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，起诉必须符合法定条件，否则法院将不予受理或裁定驳回起诉。
三、建议与注意事项
收集证据：
- 在起诉前，村民应收集相关证据，如分配方案、支付凭证、村民会议记录等，以证明自己的诉求合理且有据可依。
寻求行政调解：
- 在决定起诉前，村民可以先尝试向乡、民族乡、镇的人民政府反映情况，或向土地管理部门提出异议，寻求行政调解或解决。这有助于更高效地解决问题，避免不必要的诉讼成本。
咨询专业律师：
- 由于土地赔偿款分配问题涉及复杂的法律关系和程序，村民在起诉前最好咨询专业律师，以获取更准确的法律意见和诉讼策略。当然，您现在就可以直接向我咨询相关问题。
总结来看，村民自制分配土地赔偿款方案不合法时，上法院民事起诉是否受理取决于多种因素。若分配方案侵害个人合法权益或违反法律法规的强制性规定，且符合法定起诉条件，法院通常会受理；若分配方案属于村民自治范畴或未遵循法定起诉条件，法院可能不予受理。因此，村民在起诉前应充分了解相关法律法规和程序，并咨询专业律师以获取更准确的法律意见。