分居期间发生过性关系，在法律上一般不能简单地“不承认”，但具体是否影响离婚等相关事宜的判定，需结合实际情况和法律规定来综合分析。以下从不同角度为你详细阐述：
从离婚判定角度
分居与离婚判定的关系：
- 根据《民法典》相关规定，因感情不和分居满二年，调解无效的，应当准予离婚。这里强调的是“因感情不和”而分居，且分居时间需满二年。分居期间是否发生过性关系，并非判定能否离婚的直接因素。
- 如果分居期间双方偶尔发生性关系，但整体上感情并未改善，且分居时间已满二年，法院仍可能判定离婚。因为性关系的发生并不等同于感情和好，关键在于双方是否因感情不和而持续分居。
性关系对离婚判定的潜在影响：
- 如果分居期间双方频繁发生性关系，且能证明双方感情有所改善，甚至有和好的迹象，那么这可能成为法院判定不准离婚的一个因素。因为法院在判定离婚时，会综合考虑双方的感情状况、分居原因及时间等因素。
- 然而，如果仅是偶尔发生性关系，且双方均明确表示感情并未因此和好，那么这通常不会对离婚判定产生实质性影响。
从证据角度
性关系的证明：
- 在法律程序中，如果一方主张分居期间发生过性关系，通常需要提供相应的证据来支持其主张。这些证据可能包括但不限于：双方的陈述、证人证言、监控录像、聊天记录等。
- 如果没有足够的证据来证明性关系的发生，那么这一主张可能不会被法院采纳。
证据对离婚案件的影响：
- 即使一方能够证明分居期间发生过性关系，这也不一定意味着法院会因此判定不准离婚。因为如前所述，性关系的发生并不等同于感情和好，关键在于双方的感情状况及分居原因。
- 法院在判定离婚时，会综合考虑所有相关证据和事实，以做出公正的裁决。
法律建议
- 保留证据：如果分居期间确实发生过性关系，且可能影响离婚案件的判定，建议双方保留相关证据，以备不时之需。但同时也要注意，过度收集或使用证据可能涉及侵犯隐私等法律问题。
- 咨询专业律师：每个离婚案件都有其独特性和复杂性，因此建议你在处理此类问题时咨询专业律师。律师可以根据你的具体情况和法律规定，为你提供更具体、更专业的法律建议。
最后需要强调的是，分居期间是否发生过性关系并不是判定能否离婚的唯一或决定性因素。法院在判定离婚时，会综合考虑双方的感情状况、分居原因及时间、子女抚养情况、财产分割情况等多个因素。因此，如果你正在面临离婚问题，建议保持冷静和理性，积极与对方沟通协商，或寻求专业律师的帮助来解决问题。如果有任何法律问题，都可以直接向我咨询。