针对您提出的“营业执照是别人的，租赁合同也是别人的，但店是我的，怎么证明”这一问题，以下是从不同角度给出的法律分析和建议：

1. 证明实际经营权：

   • 经营记录与证据：您可以收集店铺的日常经营记录，如进货单、销售记录、员工工资发放记录等，这些都能间接证明您对店铺的实际经营权。
   • 证人证言：如果有员工、供应商或顾客能证明您一直是店铺的实际经营者，他们的证言也是有力的证据。
   • 银行流水：店铺的银行账户流水，特别是与您个人账户之间的资金往来，也能证明您对店铺的经济控制权。

2. 证明与营业执照持有者的关系：

   • 合作协议或合同：如果您与营业执照的持有者之间有合作协议或合同，明确规定了您对店铺的经营权和收益权，那么这份协议或合同就是直接的证明。
   • 口头协议与书面确认：即使没有正式的书面协议，如果营业执照持有者曾以书面形式（如邮件、短信）确认您对店铺的经营权，这些也可以作为证据。
   • 录音或录像证据：在合法的前提下，如果您有与营业执照持有者讨论店铺经营权的录音或录像，这些也能作为证明。

3. 证明租赁合同的实际履行者：

   • 租金支付记录：如果您一直是租赁合同的实际履行者，即一直由您支付租金，那么租金支付记录就是有力的证明。
   • 与房东的沟通记录：与房东之间关于店铺租赁、维修、改造等方面的沟通记录，也能证明您对店铺的实际控制权。
   • 店铺改造与装修证据：如果您对店铺进行了改造或装修，相关的合同、发票或照片等都能证明您对店铺的实际投入和经营。

4. 法律途径与风险防范：

   • 签订正式协议：为了避免未来的纠纷，建议您与营业执照的持有者和房东签订正式的协议，明确各自的权利和义务。
   • 办理相关手续：如果可能，您可以考虑将店铺的营业执照过户到您名下，或者至少确保您在法律上有权经营该店铺。
   • 法律咨询与诉讼：如果发生纠纷，您可以寻求法律帮助，通过诉讼等方式维护自己的合法权益。

在证明过程中，您需要注意以下几点：

• 确保所有证据都是合法取得的，避免侵犯他人隐私或违反法律规定。
• 证据要充分、确凿，能够形成完整的证据链，以证明您对店铺的实际经营权。
• 如果可能，建议您咨询专业律师，以获取更具体的法律建议和帮助。

最后，需要强调的是，虽然您可能实际经营着店铺，但在法律上，没有合法的经营手续和协议，您的权益可能无法得到充分保障。因此，建议您尽快采取措施，完善相关手续和协议，以确保自己的合法权益。如有任何法律问题或需要进一步的帮助，请直接向我咨询。