若被查出文件使用的是假公章，这通常意味着该文件可能不具备法律效力，且相关行为可能构成违法甚至犯罪，需要从民事、行政、刑事三个角度进行分析和处理。以下是我从不同法律角度给出的详细分析和建议：

一、民事法律角度

1. 合同效力问题：

   • 根据《民法典》的相关规定，如果合同上加盖的是假公章，该合同可能因缺乏真实意思表示而被认定为无效或可撤销。这取决于合同双方是否知情以及合同内容是否合法。
   • 建议：若您是合同一方，发现公章为假后，应立即与对方沟通，确认合同效力，并考虑是否通过法律途径解决争议，如起诉要求确认合同无效或撤销合同。

2. 民事责任承担：

   • 使用假公章签订合同，若给对方造成损失，使用方可能需要承担赔偿责任。
   • 建议：评估因假公章行为可能给对方造成的损失，并准备相应的赔偿方案或应对策略。

二、行政法律角度

1. 行政处罚风险：

   • 使用假公章可能违反《治安管理处罚法》或《刑法》中关于伪造公司、企业、事业单位、人民团体印章的规定，面临行政处罚，如罚款、拘留等。
   • 建议：立即停止使用假公章，并主动向相关部门说明情况，配合调查，以减轻可能的行政处罚。

2. 企业信用受损：

   • 使用假公章的行为可能损害企业信用，影响企业未来的商业活动和合作机会。
   • 建议：加强企业内部管理，完善公章使用制度，防止类似事件再次发生，并积极采取措施修复企业信用。

三、刑事法律角度

1. 刑事犯罪风险：

   • 如果使用假公章的行为情节严重，如涉及金额巨大、造成严重后果等，可能构成犯罪，如伪造公司印章罪、合同诈骗罪等。
   • 建议：立即咨询专业律师，评估刑事风险，并准备应对可能的刑事调查或起诉。

2. 刑事责任承担：

   • 若构成犯罪，将面临刑事处罚，包括有期徒刑、罚金等。
   • 建议：在律师的指导下，积极配合司法机关的调查，争取从轻或减轻处罚。

四、综合建议

1. 立即停止使用假公章：避免进一步扩大法律风险。
2. 收集证据：包括与假公章相关的所有文件、通信记录等，以备后续法律程序使用。
3. 咨询专业律师：根据具体情况，制定合适的法律策略，包括民事诉讼、行政复议或刑事辩护等。
4. 加强内部管理：完善公章使用制度，确保公章的真实性和合法性。

面对被查出文件使用假公章的情况，务必保持冷静，立即采取措施停止使用假公章，并咨询专业律师以制定合适的法律策略。如果您有任何具体的法律问题或需要进一步的帮助，请直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。