在刑事案件中，骨龄鉴定通常在以下特定情况下进行，主要围绕犯罪嫌疑人或被告人的年龄存疑问题展开：

一、犯罪嫌疑人年龄不明的情况

根据最高人民检察院《关于“骨龄鉴定”能否作为确定刑事责任年龄证据使用的批复》，当犯罪嫌疑人不讲真实姓名、住址，且年龄不明时，可以进行骨龄鉴定或其他科学鉴定。若鉴定结论能够准确确定犯罪嫌疑人实施犯罪行为时的年龄，该结论可作为判断其年龄的证据使用。若鉴定结论不能准确确定年龄，且表明犯罪嫌疑人年龄在刑法规定的应负刑事责任年龄上下，则应依法慎重处理。

二、被告人年龄存疑且无直接证据的情况

依据《最高人民法院、最高人民检察院、公安部、国家安全部、司法部关于办理死刑案件审查判断证据若干问题的规定》第四十条，审查被告人实施犯罪时是否已满十八周岁，一般应以户籍证明为依据。但若对户籍证明有异议，并有经查证属实的出生证明文件、无利害关系人的证言等证据证明被告不满十八周岁的，应认定被告人不满十八周岁。若没有户籍证明以及出生证明文件，则应根据人口普查登记、无利害关系人的证言等证据综合进行判断。在必要时，可以进行骨龄鉴定，并将结果作为判断被告人年龄的参考。

三、骨龄鉴定以存疑有利于被告人的标准来认定

在年龄存疑且无法准确查明的情况下，司法实践倾向于采用“有利于被告人”的原则。例如，《最高人民法院关于审理未成年人刑事案件具体应用法律若干问题的解释》规定，对于没有充分证据证明被告人实施被指控的犯罪时已经达到法定刑事责任年龄且确实无法查明的，应当推定其没有达到相应法定刑事责任年龄。同样，在死刑案件中，若未排除证据之间的矛盾，无充分证据证明被告人实施被指控的犯罪时已满十八周岁且确实无法查明的，不能认定其已满十八周岁。

四、关于被害人年龄存疑的特殊情况

在涉嫌强奸罪的案件中，若被害人没有户籍证明以及出生证明文件，其年龄如何认定并无明确规定。但司法实践可能会参考被告人刑事责任年龄的认定标准，并结合被害人的身体发育状况、言谈举止、衣着特征、生活作息规律等进行综合判断。若进行骨龄鉴定且结果介于关键年龄（如14周岁）上下，对于自愿与被告人发生关系的被害人，在被告人未使用暴力等手段的情况下，可能会按年满该关键年龄认定；而对于被告人使用暴力等手段强行与被害人发生关系的，则可能会按未满该关键年龄认定，以体现对未成年被害人的保护。

综上所述，骨龄鉴定在刑事案件中主要用于解决犯罪嫌疑人或被告人年龄存疑的问题，且在证据存疑时倾向于采用“有利于被告人”的原则进行认定。对于被害人年龄存疑的特殊情况，司法实践会结合多种因素进行综合判断。