结论前置：土地转让合同期未满被征收时，补偿款的归属需根据合同约定、法律规定及实际情况综合判断，一般原则是“谁投入谁受益”，但具体需分情况讨论。

一、合同有明确约定的情况

若土地转让合同中明确约定了“合同期内如遇征收，补偿款如何分配”，则应严格按照合同约定执行。例如，合同可能约定补偿款全部归转让方（原土地使用权人）所有，或全部归受让方（现土地使用人）所有，或按一定比例分配。这种情况下，合同约定具有法律效力，双方应遵守。

法律背景：根据《民法典》的相关规定，依法成立的合同，对当事人具有法律约束力。当事人应当按照约定履行自己的义务，不得擅自变更或者解除合同。

二、合同无明确约定的情况

若土地转让合同中未约定征收补偿款的分配问题，则需根据法律规定及实际情况进行判断。

1. 土地补偿费：通常归土地所有权人（即集体经济组织）所有，但会按照一定比例分配给被征地的农户或土地使用人。若土地已转让给受让方，且受让方已支付转让费用并实际使用土地，则受让方可能因土地被征收而遭受损失，此时可主张部分土地补偿费。但具体分配比例需根据当地政策、集体经济组织规定及双方协商确定。

2. 地上附着物及青苗补偿费：这些费用通常归地上附着物及青苗的所有者所有。若受让方在土地上投入了资金建设了附着物或种植了青苗，则这些费用应归受让方所有。

3. 安置补助费：这是针对被征地农民的社会保障费用，通常归需要安置的农民个人所有。若受让方非集体经济组织成员，则一般不享有安置补助费。

法律建议：

• 协商解决：双方可首先尝试通过协商解决补偿款分配问题，达成一致意见后签订书面协议。
• 诉讼解决：若协商无果，任何一方均可向人民法院提起诉讼，请求法院判决补偿款的分配。在诉讼过程中，法院将根据合同约定、法律规定及实际情况进行综合判断。

三、特殊情况下的处理

1. 转让合同无效或被撤销：若土地转让合同因违反法律、行政法规的强制性规定或存在欺诈、胁迫等情形而被认定无效或被撤销，则补偿款的分配需根据合同无效或被撤销的后果进行处理。此时，可能涉及返还财产、赔偿损失等法律责任。

2. 政府征收程序违法：若政府征收程序存在违法行为，如未依法公告、未听取被征地农民意见等，则被征地农民或土地使用人有权拒绝签订征收补偿协议，并可依法申请行政复议或提起行政诉讼。在此情况下，补偿款的分配问题需待征收程序合法化后再行解决。

可能法律后果：若双方对补偿款分配问题无法达成一致意见，且未通过合法途径解决，可能导致征收工作受阻、土地闲置或引发其他法律纠纷。因此，建议双方在遇到此类问题时，及时咨询专业律师并寻求合法途径解决。

总结与进一步思考：土地转让合同期未满被征收时，补偿款的归属问题复杂且敏感。为避免纠纷和损失，建议双方在签订土地转让合同时即明确约定征收补偿款的分配问题。若合同未约定或约定不明确，则需根据法律规定及实际情况进行综合判断，并通过协商或诉讼等合法途径解决。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。