国有农用地被收回时，土地补偿款的归属需根据具体情况来确定，一般而言，土地补偿费归国家或原使用单位（在特定历史遗留问题下），安置补助费根据安置情况支付给个人或单位，地上附着物和青苗的补偿费归其所有者所有。以下是对此问题的详细解析：
一、土地补偿费
国有农用地的所有权属于国家，因此，在土地被收回时，土地补偿费原则上应归国家所有。然而，在实际操作中，如果国有农用地是由某个单位（如农场、林场等）长期使用并管理的，且该单位在土地上进行了大量的投入和改善，那么在土地被收回时，可能会根据具体情况，给予该单位一定的补偿。但这种情况并非普遍原则，而是基于特定历史遗留问题或合同约定的特殊处理。在大多数情况下，土地补偿费还是归国家所有，由国家根据相关规定进行分配和使用。
二、安置补助费
安置补助费是为了保障因土地被收回而失去生活来源的农业人口的生活。对于国有农用地上的工作人员或农民，如果他们需要统一安置，那么安置补助费将支付给负责安置的单位，由该单位为他们提供就业机会、培训等安置措施。如果他们不需要统一安置，而是选择自主安置，那么安置补助费应当直接发放给个人，或者在征得个人同意后用于支付其保险费用，以保障其生活和就业。
三、地上附着物和青苗的补偿费
地上附着物指在农用地上建造的建筑物、构筑物，如房屋、水井、大棚等；青苗则指正在生长尚未成熟的农作物。这些补偿费归其所有者所有。如果地上附着物和青苗是由使用国有农用地的单位或个人投资建造和种植的，那么相应的补偿费就应支付给这些单位或个人。
特殊情况说明
历史遗留问题：在某些特定历史时期，国有农用地可能由某个单位或集体长期使用并管理，形成了特定的土地使用关系。在土地被收回时，可能会根据历史遗留问题和相关政策，给予该单位或集体一定的补偿。
合同约定：如果国有农用地是通过租赁、承包等方式由某个单位或个人使用的，且合同中明确约定了土地被收回时的补偿条款，那么应按照合同约定执行。
争议解决：如果对补偿款的归属和分配存在争议，建议通过协商、调解或诉讼等方式解决。在处理此类争议时，应充分考虑历史遗留问题、合同约定以及相关法律法规的规定。
总结与建议：
国有农用地被收回时，土地补偿款的归属是一个复杂而细致的问题，需根据土地的所有权、使用关系以及具体的征地情况来确定。在处理此类问题时，应遵循相关法律法规和政策规定，确保补偿款的合理、公正分配。如果您对具体的补偿款归属和分配问题存在疑问或争议，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议和帮助。