已发出行政处罚告知书后发现又办了出版物许可证，不可以直接取消取缔。这涉及到行政处罚的撤销和行政许可的有效性两个方面的法律问题。下面我将从这两个方面进行详细分析：
一. 行政处罚的撤销
撤销条件：
- 根据《中华人民共和国行政处罚法》的相关规定，行政处罚决定在特定情况下是可以撤销的，例如主要证据不足、适用法律错误、违反法定程序、超越职权或滥用职权、处罚明显不当等情形。
- 然而，本案中已发出行政处罚告知书后，发现当事人又办理了出版物许可证，这一新情况并不直接构成撤销行政处罚的法定理由。
撤销程序：
- 即使符合撤销条件，行政机关也需要遵循法定程序进行撤销，包括调查取证、听取当事人陈述申辩、作出撤销决定并公开说明理由等。
二. 行政许可的有效性
行政许可的效力：
- 出版物许可证是行政机关依法颁发的行政许可证件，其效力在未经法定程序撤销前是持续有效的。
- 当事人在收到行政处罚告知书后办理出版物许可证，如果该许可证的颁发符合法定条件和程序，那么该许可证就是有效的。
行政许可与行政处罚的关系：
- 行政许可和行政处罚是两种不同的行政行为，各自具有独立的法律效力。
- 行政处罚是针对当事人过去的违法行为作出的惩戒，而行政许可则是行政机关对当事人符合法定条件从事特定活动的认可。
综上所述：
- 已发出的行政处罚告知书并不能因为当事人后续办理了出版物许可证而直接取消取缔。
- 如果行政机关认为行政处罚决定存在错误或需要撤销，必须按照法定程序进行，并且需要符合撤销的法定条件。
- 出版物许可证的有效性取决于其颁发是否符合法定条件和程序，与行政处罚告知书的发出无直接关联。
我建议：
- 行政机关应继续按照法定程序处理行政处罚案件，同时审查新办理的出版物许可证的合法性和有效性。
- 如果行政机关认为有必要对行政处罚决定进行调整或撤销，应依法进行，并确保当事人的合法权益得到保障。
- 当事人如有异议或需要进一步咨询，可以向行政机关提出陈述申辩或申请听证。
如有进一步需要，您可以继续咨询我。