关于卫生院拆除废弃房屋协议中甲方与乙方的确定问题，这主要取决于协议的具体内容和双方协商的结果，无法一概而论。但我可以从法律角度和常见实践出发，为你提供一些分析。
法律角度分析：
- 在合同法律关系中，甲方和乙方通常代表合同的两方当事人，具体谁为甲方、谁为乙方，并不具有固定的法律含义，而是由合同双方自行约定。
- 关键在于合同条款是否明确、合法，以及双方是否按照合同约定履行各自的权利和义务。
常见实践分析：
- 在卫生院拆除废弃房屋的协议中，卫生院作为房屋的所有者或管理者，通常可能会作为甲方出现，负责提出拆除需求、支付拆除费用等。
- 而承接拆除工作的单位或个人，则可能会作为乙方出现，负责按照协议要求完成拆除工作，并收取相应的费用。
- 但这并非绝对，具体取决于双方的协商和协议内容。例如，如果卫生院是委托第三方进行拆除，且该第三方在协议中处于主导地位，那么该第三方也可能作为甲方。
建议与注意事项：
- 明确协议内容：无论卫生院是甲方还是乙方，都应在协议中明确双方的权利和义务，包括拆除范围、拆除时间、费用支付方式等。
- 审查对方资质：在签订协议前，应审查对方的资质和信誉，确保对方具备完成拆除工作的能力和条件。
- 遵守法律法规：拆除工作应遵守相关法律法规，如建筑法、环境保护法等，确保拆除过程合法合规。
- 考虑风险防控：在协议中应考虑风险防控措施，如约定违约责任、争议解决方式等，以应对可能出现的风险和问题。
如果卫生院在拆除废弃房屋的协议中作为提出需求、支付费用的一方，那么它更有可能作为甲方；而如果卫生院是委托第三方进行拆除，且该第三方在协议中处于主导地位，那么该第三方也可能作为甲方。具体取决于双方的协商和协议内容。如果你在签订或履行此类协议过程中遇到任何法律问题，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律建议。