针对房屋被侵占起诉时，代理人可提出的代理意见，可以从以下几个方面进行阐述：
一、关于房屋权属的争议与证据分析
被告证据的矛盾性与不足：
- 代理人应指出被告提供的证据在逻辑上存在矛盾，例如，若被告主张房屋为共同遗产，则需提供确凿的证据证明该房屋未进行过分割，且属于共同所有。若被告提供的证据（如证人证言）存在身份不明、真实性无法确认等问题，则这些证据不足以支持其主张。
- 同时，代理人应强调，即使被告提交了某些证据（如房地产税交纳证明、居委会证明），这些证据也仅能证明被告在房屋内居住，而不能直接证明其对房屋享有所有权。
原告房屋所有权的确认：
- 代理人应强调，原告已依法办理了房屋所有权证，这是权利人依法拥有房屋所有权并对房屋行使占有、使用、收益和处分权利的唯一合法凭证。因此，原告对房屋的所有权应得到法律的有效保护。
- 若被告主张房屋权属存在争议，代理人应指出，这种争议需有确凿的证据支持，且应通过合法途径解决，而非通过侵占房屋的方式。
二、关于诉讼中止的法定情形与本案分析
法定中止诉讼的情形：
- 代理人应明确，根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，中止诉讼需满足特定条件，如本案必须以另一案的审理结果为依据，而另一案尚未审结等。
本案不具备中止诉讼的条件：
- 代理人应指出，在本案中，不存在必须以另一案的审理结果为依据的情形。原告已依法办理了房屋所有权证，其房屋所有权已得到确认。
- 若被告提起行政诉讼已超过诉讼时效，或其证据根本不构成对原告产权的有力质疑，则本案不属于必须以行政诉讼的审理结果为依据的案件。
三、关于被告侵权行为的认定与法律责任
被告侵权行为的认定：
- 代理人应强调，被告没有合法依据占住原告房屋，已构成对原告财产权的侵害。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，侵占他人财产的，应当返还财产，并赔偿因此造成的损失。
被告应承担的法律责任：
- 代理人应指出，被告应立即腾还房屋给原告，并赔偿因侵占房屋给原告造成的一切损失，包括租金损失等。
- 若被告非法出租原告房屋牟利，则还应承担相应的违法所得返还责任。
四、关于诉讼时效的认定
被告侵权行为的持续性：
- 代理人应指出，被告的侵权行为一直处于持续状态，因此原告的起诉并未超过诉讼时效。
原告一直在主张权利：
- 代理人应提供证据证明，原告一直在向被告主张权利，从未中止过。因此，被告应赔偿持续侵权给原告造成的所有损失。
在实际操作中，代理人还需根据具体案情和证据情况，灵活调整代理意见，以最大程度地维护原告的合法权益。如果有任何具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。