竞业协议约定从工资里扣除竞业限制补偿金是无效的。以下从法律性质、法律规定、实践操作及法律后果几个角度进行详细分析：
一、法律性质
竞业限制补偿金与工资在法律性质上存在显著差异。工资是劳动者提供正常劳动后应得的报酬，而竞业限制补偿金则是用人单位对劳动者在离职后履行竞业限制义务所给予的经济补偿。两者性质不同，不能混为一谈。
二、法律规定
《中华人民共和国劳动合同法》第二十三条：明确规定了用人单位与劳动者可以在劳动合同中约定竞业限制条款，并约定在解除或者终止劳动合同后，在竞业限制期限内按月给予劳动者经济补偿。这表明竞业限制补偿金是独立于工资之外的，应在劳动者离职后另行支付。
相关司法解释：如《最高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律问题的解释（一）》等，也进一步明确了竞业限制补偿金的支付方式和标准，强调其不能与工资混同。
三、实践操作
在实际操作中，如果用人单位试图将竞业限制补偿金从工资中扣除，这种做法是不符合法律规定的。因为这样做会损害劳动者的合法权益，使得劳动者在离职后无法获得应有的经济补偿。正确的做法应该是，用人单位在劳动者离职后，按照约定的方式和标准，另行支付竞业限制补偿金。
四、法律后果
如果用人单位违反法律规定，将竞业限制补偿金从工资中扣除，劳动者有权依法维护自身权益。具体来说，劳动者可以采取以下措施：
与用人单位协商：首先尝试与用人单位进行协商，要求其按照法律规定另行支付竞业限制补偿金。
申请劳动仲裁：如果协商无果，劳动者可以向当地劳动仲裁机构申请劳动仲裁，要求用人单位支付竞业限制补偿金及可能产生的违约金。
提起诉讼：对劳动仲裁结果不服的，劳动者还可以向人民法院提起诉讼，通过法律途径维护自身权益。
举例说明：假设小张入职某公司后，与公司签订了竞业限制协议。协议中约定，小张离职后需遵守竞业限制义务，但公司并未明确提及竞业限制补偿金的支付方式。后来，小张发现公司每月从其工资中扣除了一部分作为竞业限制补偿金。这种情况下，小张有权要求公司停止这种做法，并按照法律规定在其离职后另行支付竞业限制补偿金。如果公司拒绝，小张可以通过上述法律途径维护自身权益。
综上所述，竞业协议约定从工资里扣除竞业限制补偿金是无效的。用人单位应严格遵守法律规定，另行支付竞业限制补偿金，以维护劳动者的合法权益。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。