针对您提出的“公司设有抽烟亭但员工违规抽烟差点引发火灾应该怎么处罚”的问题，以下是我的详细解答：
首先，需要明确的是，公司内部对于违规抽烟行为的处罚通常会依据公司自身的规章制度以及相关法律法规来进行。在您所描述的情境中，员工在设有抽烟亭的情况下仍然违规抽烟，且差点引发火灾，这一行为不仅违反了公司的规定，更可能触犯了相关的消防安全法规。
一、公司内部处罚措施
口头警告：对于初次违规且情节较轻的员工，公司可以采取口头警告的方式，提醒其注意遵守公司规定和消防安全。
罚款：若员工违规行为较为严重，或者已经多次违规，公司可以考虑对其处以罚款，以示惩戒。罚款金额可以根据公司规定和违规情节的严重程度来确定。
扣除绩效奖金：对于因违规抽烟行为给公司带来较大损失或影响的员工，公司还可以考虑扣除其部分或全部绩效奖金。
停职或辞退：在情节特别严重，如差点引发火灾等严重后果的情况下，公司有权对违规员工进行停职处理，甚至辞退。
二、法律法规角度的处罚
根据《中华人民共和国消防法》的相关规定，禁止在具有火灾、爆炸危险的场所吸烟、使用明火。若员工在具有火灾危险的场所违规抽烟，且未立即改正，将可能面临警告或者五百元以下罚款的行政处罚；情节严重的，还可能处五日以下拘留。
三、建议与措施
加强宣传教育：公司应加强对员工的消防安全宣传教育，提高员工的消防安全意识，减少违规行为的发生。
完善规章制度：公司应进一步完善关于抽烟的规章制度，明确抽烟区域、违规处罚等事项，确保员工有章可循。
设置明显标识：公司应在抽烟亭等明显位置设置禁烟标识和消防安全提示，提醒员工注意消防安全。
加强监管与巡查：公司应加强对员工抽烟行为的监管与巡查，及时发现并纠正违规行为。
综上所述，对于员工在设有抽烟亭的情况下违规抽烟且差点引发火灾的行为，公司应依据内部规章制度和相关法律法规进行严肃处理，以确保公司的消防安全和员工的生命财产安全。