合作协议复印件在特定条件下是有效的，但一般证明力较弱，需结合其他证据使用。以下从不同角度为您详细分析：
一、从合同效力角度
根据《民法典》的相关规定，当事人订立合同可以采用书面形式、口头形式或其他形式。书面形式包括合同书、信件、电报、电传、传真等可以有形地表现所载内容的形式。以电子数据交换、电子邮件等方式能够有形地表现所载内容，并可以随时调取查用的数据电文，也视为书面形式。因此，只要双方在复印件上签字盖章，且内容真实反映了双方的意思表示，该复印件就具有一定的法律效力。然而，从法律风险的角度考虑，仍建议保留书面原件，以防在发生纠纷时无法证明双方当时的合意，从而保障当事人的权益。
二、从证据效力角度
一般情况：在民事诉讼中，复印件属于传来证据，其证明力相对较弱。如果仅有复印件，且对方不认可其内容，那么该复印件很难被法院单独认定作为定案的依据。这是因为复印件在技术上容易被篡改或伪造，其真实性难以保证。
特定情形：尽管复印件的证明力较弱，但在某些特定情形下，它也可能被法院采信。例如，如果对方对复印件的内容予以承认，或者存在其他辅助证据能够与复印件相互印证，形成完整的证据链条，那么复印件就可能具有一定的证明效力。这些辅助证据可以包括原件核对无误的记录、证人证言、视听资料等。
三、法律建议
保留原件：在签订合作协议时，尽量保留原件。原件是最直接、最有力的证据，能够最大程度地保障当事人的权益。
及时收集辅助证据：如果原件丢失或无法获取，且只有复印件，那么应及时收集其他辅助证据来增强其证明力。这些辅助证据可以包括与复印件内容相关的邮件、聊天记录、证人证言等。
谨慎使用复印件：在涉及重要权益的合作协议中，尽量避免仅使用复印件作为证据。如果必须使用复印件，那么应确保其内容真实、完整，并尽可能结合其他证据使用。
举例说明：假设您与一家公司签订了一份合作协议，但原件不慎丢失。在发生纠纷时，您只有一份复印件作为证据。如果对方不认可复印件的内容，且您没有其他辅助证据来佐证其真实性，那么法院可能很难仅凭复印件来认定合同的权利义务关系。因此，在这种情况下，您可能会面临较大的法律风险。
综上所述，合作协议复印件在特定条件下是有效的，但一般证明力较弱。为了保障自己的权益，建议您在签订合作协议时尽量保留原件，并在必要时及时收集其他辅助证据来增强复印件的证明力。如果您有任何法律问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。