该合同是否有效需分情况讨论：
根据《民法典》及相关法律规定，农村集体经济组织的水井等资源属于集体所有，其承包或转让需遵循法定程序。若村委会主任未经村民会议或村民代表会议同意，擅自以村委会名义将集体水井承包给其亲弟弟，则可能构成无权处分。此外，若承包过程中存在程序违法，如未进行公开招标、未签订书面合同或合同条款显失公平等，也可能影响合同的效力。
法律背景：根据《民法典》第一百五十三条：“违反法律、行政法规的强制性规定的民事法律行为无效。但是，该强制性规定不导致该民事法律行为无效的除外。”以及《村民委员会组织法》的相关规定，村民委员会实行民主决策、民主管理、民主监督，涉及村民利益的重大事项应当经村民会议讨论决定方可办理。
法律建议：若合同存在上述情形，集体经济组织或其他相关权利人可依法向法院提起诉讼，请求确认合同无效，并要求返还水井或赔偿损失。
即使村委会主任有权处分集体水井，且承包程序看似合法，但若其与亲弟弟之间存在利益输送，如承包价格明显低于市场价、承包期限过长等，则可能构成显失公平或恶意串通。在此情况下，合同虽不必然无效，但可能面临被撤销的风险。
法律背景：根据《民法典》第一百五十一条：“一方利用对方处于危困状态、缺乏判断能力等情形，致使民事法律行为成立时显失公平的，受损害方有权请求人民法院或者仲裁机构予以撤销。”以及第一百五十四条：“行为人与相对人恶意串通，损害他人合法权益的民事法律行为无效。”
法律建议：若存在上述情形，集体经济组织或其他相关权利人可在知道或应当知道撤销事由之日起一年内，向法院提起诉讼，请求撤销合同。
若村委会主任在有权处分集体水井的前提下，按照法定程序进行了公开招标或协商，并与亲弟弟签订了书面合同，且合同内容合法、条款公平、无利益输送嫌疑，则该合同应认定为有效。
法律背景：根据《民法典》的相关规定，依法成立的合同，自成立时生效。法律、行政法规规定或者当事人约定合同应当采用书面形式订立，当事人未采用书面形式但是一方已经履行主要义务，对方接受时，该合同成立。
法律建议：在此情况下，双方应严格按照合同约定履行各自义务。若一方违约，另一方有权依法要求其承担违约责任。
总结与进一步思考：
在判断该合同是否有效时，需综合考虑村委会主任的处分权、承包程序、合同内容以及是否存在利益输送等因素。若合同存在违法或显失公平的情形，则可能面临无效或被撤销的风险。因此，在签订类似合同时，建议双方务必遵循法定程序、确保合同内容合法公平，并避免利益输送等违法行为。若您对此类问题仍有疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。