未经工商登记备案的公司章程修正案仍然可以有效。具体分析如下：
一. 公司章程修正案的生效要件
- 合意即生效：经法定程序修改的公司章程，自股东达成修改章程的合意后即发生法律效力。工商登记并非章程的生效要件，这与公司设立时制定的初始章程应报经工商部门登记后才能生效有所不同。即，只要股东会按照法定程序表决通过，并且股东在相应股东会决议、公司章程上的签字真实，那么修正案即在公司内部产生法律效力。
- 对抗第三人效力：虽然未经工商登记备案的公司章程修正案在公司内部有效，但未经登记或者变更登记的，不得对抗善意相对人。
二. 公司章程修正案的合规建议
- 严格遵守《公司法》规定：修改公司章程时，应确保按照公司法规定的程序召开股东会，修改章程需经代表三分之二以上表决权的股东通过（有限公司的公司章程中另有规定的除外），并确保股东在相应股东会决议、公司章程的签字真实。
- 及时备案登记：公司章程修改后，虽然工商登记不是生效要件，但仍建议及时在工商部门备案登记，以避免可能产生的法律风险和纠纷。因客观原因致使无法在工商部门备案登记的，应保证公司相关程序合法，材料齐全。
综上所述，未经工商登记备案的公司章程修正案在公司内部仍然有效，但可能不具有对抗第三人的法律效力。因此，我建议公司在修改章程后，还是应尽可能地进行工商登记备案，以确保章程的完整法律效力。如有进一步需要，您可以继续咨询我。