针对您提出的“已在劳动部门备案的变更劳动合同员工拒签怎么处理”这一问题，以下是我为您提供的详细解答：

首先，我们要明确的是，劳动合同的变更需要用人单位与劳动者协商一致，这是《劳动合同法》第三十五条所明确规定的。当劳动合同变更时，若员工拒绝签订变更后的劳动合同，用人单位通常会面临两种选择：

1. 放弃变更，维持原合同：

   • 如果用人单位认为变更劳动合同并非必要，或者希望保持与员工的良好关系，可以选择放弃变更，继续维持原劳动合同的效力。这种情况下，双方应继续按照原劳动合同的约定履行各自的义务。

2. 解除劳动合同，并支付经济补偿：

   • 如果用人单位认为变更劳动合同是必要的，且员工拒绝签订变更后的合同，导致原合同无法继续履行，那么用人单位可以根据《劳动合同法》的相关规定，提前三十日以书面形式通知劳动者本人，或者额外支付劳动者一个月工资后，解除劳动合同。
   • 在解除劳动合同的同时，用人单位需要按照法律规定向劳动者支付经济补偿。经济补偿的具体金额通常根据劳动者在用人单位的工作年限、工资水平等因素来确定。

此外，我还想提醒您注意以下几点：

• 变更劳动合同应采用书面形式：根据《劳动合同法》第三十五条，变更劳动合同应当采用书面形式，并由用人单位和劳动者各执一份。这是为了确保双方对变更内容的明确认知和共同确认。
• 协商过程应合法合规：在协商变更劳动合同的过程中，用人单位应确保协商过程的合法性和合规性，避免采取任何强迫或威胁的手段迫使员工签订变更后的合同。
• 关注员工权益：在处理员工拒签变更劳动合同的问题时，用人单位应充分关注员工的权益，确保解除劳动合同的决定是合理且合法的，避免引发不必要的劳动纠纷。

综上所述，当员工拒绝签订已在劳动部门备案的变更劳动合同时，用人单位应根据实际情况和法律规定，合理选择放弃变更或解除劳动合同并支付经济补偿的方式进行处理。希望这些解答能对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的法律建议，请随时咨询。