针对您提出的“有机肥料厂原料未覆盖，生态部门会如何处罚”的问题，我可以根据相关法律法规及实际案例为您详细解答。

首先，需要明确的是，如果有机肥料厂的原料未进行覆盖，导致扬尘污染等环境问题，这违反了《中华人民共和国大气污染防治法》的相关规定。具体来说，该法第七十二条明确规定，贮存易产生扬尘的物料应当密闭；不能密闭的，应当设置不低于堆放物高度的严密围挡，并采取有效覆盖措施防治扬尘污染。

对于此类违法行为，生态部门有权依据《中华人民共和国大气污染防治法》第一百一十七条进行处罚。该条款规定，对不能密闭的易产生扬尘的物料，未设置不低于堆放物高度的严密围挡，或者未采取有效覆盖措施防治扬尘污染的，由县级以上人民政府生态环境等主管部门按照职责责令改正，并处以一万元以上十万元以下的罚款；拒不改正的，责令停工整治或者停业整治。

在实际操作中，生态部门会进行现场检查，并制作现场检查（勘察）笔录、调查询问笔录等证据材料。如果确认存在违法行为，生态部门会先下达《责令改正违法行为决定书》，要求企业在规定期限内进行整改。整改完成后，生态部门会进行复查。如果企业未在规定期限内整改或整改不到位，生态部门会下达《行政处罚事先（听证）告知书》，告知企业拟作出的行政处罚决定及事实、理由、依据，并告知企业享有陈述申辩和听证的权利。

如果企业在法定期限内未提出陈述申辩或听证申请，生态部门会正式下达行政处罚决定书，对企业处以罚款。罚款金额会根据违法事实的具体情况、易产生扬尘的物料量、占地面积、项目建设地点、违法行为发生时期环境敏感度等因素进行裁量。例如，在甘南州生态环境局临潭分局的案例中，因肥料堆放区物料未覆盖，该肥料厂被处以壹万元整的罚款；而在新乡市生态环境局的案例中，因存料场物料露天存放且未采取覆盖措施，当事人被处以叁万伍仟玖佰柒拾壹元整的罚款。

最后，需要提醒的是，企业在收到行政处罚决定书后，应在规定期限内缴纳罚款。逾期不缴纳的，生态部门可以依据相关法律法规每日按罚款数额的3%加处罚款。如果企业不服行政处罚决定，可以在规定期限内申请行政复议或提起行政诉讼。但申请行政复议或提起行政诉讼期间，不停止行政处罚决定的执行。

综上所述，有机肥料厂原料未覆盖，生态部门会根据相关法律法规进行处罚，具体罚款金额会根据违法事实的具体情况进行裁量。因此，建议有机肥料厂加强环境管理，确保原料得到妥善覆盖，以避免不必要的法律风险和经济损失。