经营超过使用期限的化妆品，监管部门依据《化妆品监督管理条例》第六十条第五项的规定对其进行扣押。具体分析如下：

一. 法律依据明确

• 《化妆品监督管理条例》第六十条第五项明确规定，化妆品经营者擅自配制化妆品，或者经营变质、超过使用期限的化妆品，由负责药品监督管理的部门没收违法所得、违法生产经营的化妆品和专门用于违法生产经营的原料、包装材料、工具、设备等物品，并可以处以罚款，情节严重的还可以责令停产停业、取消备案或吊销化妆品许可证件，甚至追究刑事责任。

二. 扣押行为的合法性

• 在本案例中，东区市场监管局在监督检查中发现某美容会所有超过使用期限的化妆品，遂对其立案调查，并于当日对涉案化妆品采取了扣押的行政强制措施。这一行为正是基于《化妆品监督管理条例》第六十条第五项的规定，是合法且必要的行政手段，以确保公众健康和安全，防止过期化妆品流入市场。

三. 扣押后的处理

• 扣押后，监管部门将依据相关法律法规对涉案化妆品进行进一步调查和处理，包括但不限于没收、罚款等行政处罚，以及可能的刑事责任追究。

我建议化妆品经营者应严格遵守相关法律法规，定期检查并及时处理变质或超过使用期限的化妆品，以确保产品质量和消费者安全。如有进一步需要，您可以继续咨询我。