在经营者库房内发现超过使用期限的化妆品，违反了《化妆品监督管理条例》第六条第二款和第四十二条的规定。具体分析如下：

法规依据

1. 《化妆品监督管理条例》第六条第二款：化妆品注册人、备案人应当保证化妆品的质量安全，对上市销售的化妆品的质量安全负责。化妆品的质量安全，是指化妆品在正常的使用条件下，应当符合化妆品注册、备案时提出的要求，不得对人体健康产生危害或者存在其他安全隐患。

2. 《化妆品监督管理条例》第四十二条：化妆品应当在其标签标注的使用期限内使用；超过使用期限的化妆品，不得上市销售或者使用。

案例分析

以河南省某理发店经营超过使用期限的化妆品案为例，执法人员在监督检查时发现该理发店待用的某染发膏已超过使用期限，随即依法扣押并立案调查。最终，该理发店因违反《化妆品监督管理条例》的相关规定，被处以没收涉案产品、没收违法所得及罚款的行政处罚。

法律后果

根据《化妆品监督管理条例》第六十条第五项的规定，对于经营超过使用期限的化妆品的违法行为，监管部门将依法予以处罚，包括没收违法所得、没收违法经营的化妆品以及罚款等。

建议与措施

1. 加强自查自纠：化妆品经营者应定期对库存化妆品进行检查，及时发现并清理超过使用期限的化妆品。
2. 建立进货查验记录制度：确保所购进的化妆品来源合法、质量可靠，并保存好相关购进票据、供货商资质及验收记录。
3. 增强法律意识：化妆品经营者应加强对《化妆品监督管理条例》等相关法律法规的学习，提高自身的法律意识和管理水平。

综上所述，经营超过使用期限的化妆品是违法的，化妆品经营者应严格遵守相关法律法规，确保化妆品的质量安全，维护消费者的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。