第三方审计结果甲方在特定情况下可以不认可。以下是对此问题的详细分析：
一、甲方不认可第三方审计结果的合法性基础
合同约定：
- 如果甲方与第三方审计机构或乙方（如合同另一方）在合同中明确约定了审计结果的认可条件、程序或争议解决方式，那么甲方在不满足这些条件或程序时，有权不认可审计结果。例如，合同可能规定审计机构需具备特定资质、审计过程需遵循特定标准，或审计结果需经双方共同确认等。
审计过程存在瑕疵：
- 如果审计过程存在程序违法、数据不实、方法不当等瑕疵，甲方有权对审计结果提出质疑并不予认可。例如，审计机构未按照约定的审计方法进行审计，或审计数据存在明显错误等。
审计结果与事实不符：
- 如果审计结果明显与事实不符，如审计报告中的数据与实际数据存在显著差异，或审计结论与实际情况相悖，甲方有权不认可该审计结果。
二、甲方不认可第三方审计结果后的处理方式
协商解决：
- 甲方可以首先尝试与乙方或第三方审计机构进行协商，寻求达成一致意见。协商过程中，甲方可以提出自己的异议和理由，并要求重新审计或修改审计报告。
申请重新审计：
- 如果协商无果，甲方可以依据合同约定或法律规定，申请重新进行审计。重新审计可以由另一家具有资质的审计机构进行，以确保审计结果的公正性和准确性。
法律途径：
- 如果甲方认为第三方审计机构的行为构成违约或侵权，且协商和重新审计均无法解决问题，甲方可以通过法律途径维护自己的权益。例如，甲方可以向法院提起诉讼，要求确认审计结果无效或要求第三方审计机构承担违约责任。
三、甲方不认可第三方审计结果时的注意事项
保留证据：
- 甲方在不认可第三方审计结果时，应妥善保留相关证据，如审计合同、审计报告、审计过程记录等。这些证据将有助于甲方在协商、重新审计或法律诉讼中证明自己的立场和理由。
及时行动：
- 甲方在发现审计结果存在问题时，应及时采取行动，避免错过合同约定的异议期或诉讼时效。否则，甲方可能因未及时行使权利而承担不利后果。
寻求专业支持：
- 在处理不认可第三方审计结果的问题时，甲方可以寻求专业律师或审计专家的支持。他们可以提供专业的法律意见和审计建议，帮助甲方更好地维护自己的权益。
建议：在实际操作中，甲方应仔细审查合同条款，确保审计过程符合约定和法律规定。同时，甲方也应保持与乙方和第三方审计机构的良好沟通，及时提出自己的异议和理由，并寻求妥善解决方案。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。