结论前置：
- 一般情况下，安置补偿协议三年多还没履约完毕，发现新问题后诉讼不会超诉讼时效。
- 但具体是否超诉讼时效，还需根据新问题的性质、发现时间以及是否构成诉讼时效中断等因素进行综合判断。
详细分析：
首先，我们需要明确诉讼时效的基本概念。诉讼时效是指民事权利受到侵害的权利人在法定的时效期间内不行使权利，当时效期间届满时，债务人获得诉讼时效抗辩权。在法律规定的诉讼时效期间内，权利人提出请求的，人民法院就强制义务人履行所承担的义务。而在法定的诉讼时效期间届满之后，权利人再行使请求权的，人民法院就不再予以保护。
对于安置补偿协议的履约问题，如果协议中明确约定了履约期限，且该期限已经届满三年多仍未履约完毕，这本身并不直接导致诉讼时效的过期。关键在于，当您发现新问题（如补偿标准不合理、补偿项目遗漏等）时，这个新问题的发现时间是否超过了法律规定的诉讼时效期间。
如果新问题是在诉讼时效期间内发现的：
- 那么您仍然有权提起诉讼，要求对方履行协议或进行相应的补偿。
- 诉讼时效期间通常从您知道或应当知道权利受到侵害之日起计算。
如果新问题是在诉讼时效期间届满后才发现的：
- 这并不意味着您完全丧失了诉讼权利。关键在于，您是否能证明在诉讼时效期间内，您已经以某种方式（如书面催告、口头主张等）向对方表达了要求履行协议或补偿的意愿，从而构成诉讼时效的中断。
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，诉讼时效因提起诉讼、当事人一方提出要求或者同意履行义务而中断。从中断时起，诉讼时效期间重新计算。
关于诉讼时效的具体期限：
- 根据《中华人民共和国民法典》第一百八十八条，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。
- 因此，在一般情况下，如果新问题是在您知道或应当知道权利受到侵害之日起三年内发现的，那么诉讼时效尚未过期。
建议与行动：
- 尽快收集证据：包括安置补偿协议、相关沟通记录、新问题的发现时间等，以证明您的权利受到侵害的时间以及您是否在诉讼时效期间内主张过权利。
- 咨询专业律师：虽然我已经在这里提供了一些基本的法律分析，但每个案件的具体情况都有所不同。因此，我建议您直接向我咨询，以便我能根据您的具体情况提供更详细的法律建议。
- 考虑提起诉讼：如果经过分析，您认为诉讼时效尚未过期，且您有足够的证据支持您的主张，那么您可以考虑向人民法院提起诉讼，要求对方履行协议或进行相应的补偿。
最后，我想强调的是，法律问题往往比较复杂，且每个案件的具体情况都有所不同。因此，在处理类似问题时，我建议您务必保持谨慎，并尽可能咨询专业律师的意见。如果您有任何关于安置补偿协议或其他经济纠纷、合同纠纷方面的问题，都可以直接向我咨询。